Будущий священномученик появился на свет 10 апреля 1884 года в погосте Теремец Серпуховского уезда — там его отец, священник Николай Александрович Спасский, служил в храме Рождества Богородицы. Учился Сергей в Перервинском духовном училище, которое окончил в 1900 году, а в 1906-м завершил курс Московской духовной семинарии. Его назначили учителем в школу села Болотово Коломенского уезда. В 1909 году его рукоположили во священника к Успенской церкви села Белые Колодези того же уезда, и там он прослужил всю жизнь. Детей у них с супругой Ольгой не было, и всё время он отдавал храму.

Первый удар пришёлся на конец двадцатых. Осенью 1929 года власти потребовали с прихода больших налогов, рассчитывая, что деньги не найдутся и храм можно будет закрыть. Крестьяне решили иначе: собрали по шесть рублей со двора и внесли всю сумму. Тогда в ОГПУ постановили арестовать священника. 25 декабря 1929 года взяли самого отца Сергия, старосту храма Димитрия Захарова и крестьянина Сергея Егорова и посадили в коломенскую тюрьму. Доказательств не было — к делу подшили анонимные записки с угрозами, появившиеся в том же году, и задним числом стали собирать сведения об арестованных. Виновным не признал себя никто.

Из показаний свидетелей видно, чем этот приход раздражал власть. Мужчины, не выдержав давления, выходили из церковного совета, и на их места вошли женщины победнее; отец Сергий это одобрил, заметив, что так будет безопаснее. Когда его арестовали, в соседнем селе отслужили молебен об арестованном пастыре и сказали о нём такую проповедь, что люди плакали.

29 января 1930 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило крестьянина и старосту к трём годам ссылки в Северный край, а священника — к трём годам концлагеря. Срок он отбыл полностью, вернулся в тот же приход и с 1934 года снова служил в Успенской церкви.

Последнее гонение застало его там же. 21 ноября 1937 года отца Сергия арестовали и в тот же день допросили — и в тот же день закончили следствие. Виновным в агитации он себя не признал и добавить к сказанному ничего не пожелал. 23 ноября тройка НКВД приговорила его к расстрелу. Священника Сергия Спасского расстреляли 27 ноября 1937 года на полигоне Бутово и погребли в общей безвестной могиле. Память его совершается 14 ноября по старому стилю, то есть 27 ноября по новому.