Будущий святитель появился на свет в конце XVII столетия на Черниговщине, в Малороссии; предание называет его отцом священника по фамилии Кульчицкий. При крещении мальчика нарекли Иоанном. Учился он дома, затем в Киевской духовной академии, и учился отлично, особенно налегая на словесность: собирался проповедовать. К концу академии принял постриг с именем Иннокентий.

Его вызвали учителем и префектом в московскую Славяно-греко-латинскую академию, а оттуда — в Петербург, в только что основанный Невский монастырь. Там на образованного инока обратил внимание Пётр I: царь задумал открыть в Пекине русскую духовную миссию во главе с епископом, и сибирский митрополит Филофей назвал именно Иннокентия. 5 марта 1721 года его рукоположили во епископа.

До Иркутска миссия добиралась почти год, дальше двинулась за Байкал и остановилась в пограничном Селенгинске — ждать разрешения на въезд. Разрешения не дали: в Пекине сильны были иезуиты, а повод нашёлся формальный. В письме епископа назвали «богдо», то есть «великий», а такое обращение у китайцев полагалось только императору — значит, двум великим в стране быть невозможно.

Три года владыка просидел в Селенгинске. Жалованья он не получал, кормился подаянием, миссия ловила рыбу и нанималась на работы, поношенную одежду он чинил сам. В Синод он писал, что не имеет, где приклонить голову, и скитается со двора на двор. Позже устроились на монастырской даче, и, чтобы не есть даром хлеб, епископ с диаконом писали для храма иконы.

Это вынужденное сидение обернулось пользой: пользуясь архиерейским правом рукополагать, он восполнял нехватку духовенства за Байкалом, избавляя ставленников от дальней дороги в Тобольск. Вскоре из Петербурга пришло новое повеление: быть ему самостоятельным епископом Иркутским и Нерчинским. С него и началось самостоятельное столование иркутских епископов.

Паству он окормлял немногим больше четырёх лет. Здоровье было слабым, особенно мучили головные боли, но подвига он не оставлял: носил власяницу, любил молиться в пещере за монастырской оградой, по ночам обходил Вознесенский храм. Днём помогал тянуть сети, ночами шил обувь для учеников. Язычников вокруг Иркутска обращал целыми семьями и стойбищами — из новокрещёных бурят выросло целое поселение. Он поддержал монгольскую школу при монастыре и открыл славяно-русскую школу для всех сословий, выхлопотал из казны содержание для будущих епископов и определил границы епархии.

Скончался святитель 27 ноября 1731 года. Через тридцать три года при ремонте Тихвинской церкви обнаружилось, что тело, одеяние и даже бархат на гробе не тронуты тлением, хотя место погребения было сырым. В 1783 году монастырь выгорел дотла, но деревянная Тихвинская церковь, под которой лежали мощи, уцелела — об этом записали городские летописцы. В декабре 1804 года Святейший Синод объявил останки первого иркутского епископа святыми мощами и установил ему празднование.