Преподобный Нил родился на юге Греции, в городке Айос Петрос на полуострове Пелопоннес, в благочестивой христианской семье. Он рано осиротел, и растил его дядя — иеромонах Макарий.

В 1601 году дядя с племянником ушли в монастырь Успения Божией Матери в Малеви. Там юноша принял постриг, а затем и священный сан — сначала диаконский, потом иерейский. Обоим хотелось большего уединения, и в 1615 году они перебрались на Афон, в дикое безлюдное место, которое тоже называлось Айос Петрос: когда-то здесь жил преподобный Пётр Афонский. Сегодня там стоит скит Кавсокаливия.

Участок они выкупили у Великой Лавры всего за одну золотую монету. Расчистили его, поставили келью и небольшой храм в честь Божией Матери и преподобных Петра и Афанасия Афонских. Оба были хорошими иконописцами и расписали церковь сами, на те деньги, что привезли с собой. Когда работа была закончена, отец Макарий скончался, оставив племяннику и храм, и землю, и жильё.

Но преподобному Нилу и этого было много. Он нашёл в скале пещеру в таком месте, куда люди практически не заходили, — подняться туда по почти отвесному камню было очень трудно. Спуститься ему помог один монах, и дальше он жил там совершенно один, в посте и молитве; внутри своего убежища он устроил алтарь в честь Сретения Господня. Умирая, преподобный оставил рядом с собой завещание: тело его не должно покидать этих мест. Братия положила его в пещерке чуть ниже собственной, запечатала её и написала предостережение тому, кто вздумает перенести мощи.

Славы при жизни преподобный Нил избегал — и прославил его Господь уже после смерти. Вскоре от его мощей начало истекать благовонное миро, притом в таком количестве, что оно вытекало из запечатанной гробницы и струилось вниз по скале. Об этом узнал весь православный Восток; паломники приплывали на лодках, чтобы собрать со скалы драгоценное вещество, и десятилетиями получали через него исцеления от недугов телесных и духовных. Место у воды стали называть «Каравостасион» — «остановка лодок». Отсюда и прозвание святого: Мироточивый.

С этой пещерой связана известная история. Двое монахов, видимо не знавшие о завещании, пришли с кирками искать мощи. Сорвавшийся сверху камень перебил одному из них ступню, и подняться по крутой скале он уже не мог. Пока товарищ ходил за мулом, пострадавшему явился человек в простом монашеском одеянии, укорил его за то, что дело начато без благословения, велел впредь не браться за непосильное и не согласное с волей Божией, коснулся ноги — и она стала здоровой. Позже, когда мощи перестали мироточить, их перенесли в Великую Лавру, а частицы разошлись по другим афонским монастырям.

Преподобных на иконах пишут в монашеских одеждах, со свитком или чётками в руке; за спиной святого часто изображают гору или пещеру — знак места его подвига.