Будущий преподобномученик появился на свет 20 июля 1873 года в благочестивой купеческой семье села Солчина Зарайского уезда Рязанской губернии; в крещении его назвали Иоанном. Отец его торговал хлебом в Москве. Когда мальчику было одиннадцать, тяжело заболела мать и по совету врачей уехала на родину, взяв сына с собой; там он успел окончить два класса школы. После смерти матери Иван вернулся в Москву, доучился и стал помогать отцу в торговле.

Но к наживе и к семейной жизни сердце его не лежало. В роду держался старинный обычай: кто-нибудь из детей посвящал жизнь Богу и становился молитвенником за всю родню. Иван захотел уйти на Афон, и отец с радостью его благословил. В 1893 году, двадцати лет от роду, юноша поступил послушником в Свято-Пантелеимонов монастырь на Святой Горе. Там, по его собственным словам, и завершилось его духовное образование; там же его постригли в мантию с именем Иона, а позже рукоположили во иеромонаха.

В марте 1914 года его отправили на подворье Пантелеимонова монастыря в Константинополе. Прослужил он там всего несколько месяцев: летом, когда началась война, всех русских подданных из города выслали, и отец Иона выехал вместе со служащими консульства. В России его определили на одесское подворье монастыря. Подворье закрыли в 1923 году, и он перешёл в Благовещенскую церковь; закрыли и её — стал служить в кладбищенском храме Всех святых, но вскоре не стало и этого храма.

В 1930 году знакомые написали ему из родных мест, что в селе Алпатьеве, в нескольких километрах от его Солчина, умер священник и хорошо бы ему приехать. Отец Иона немедленно собрался, и его назначили в Казанский храм этого села, где он и прослужил до ареста.

В конце 1937 года местное начальство и подобранные свидетели дали против священника показания. Главным «преступлением» оказалось то, что в 1937 году, когда встал вопрос о закрытии храма и передаче здания под школу, он сообщил верующим о собрании — и пришедшие прихожане не дали храм закрыть. Ставили ему в вину и то, что он ежедневно беседует с приходящими к нему в сторожку женщинами, и даже жалобу на то, что керосина выдают всего бутылку в год, отчего вечерами приходится сидеть впотьмах.

24 февраля 1938 года отца Иону арестовали и заключили в коломенскую тюрьму. Постановление об аресте он подписывать отказался. На допросах он отвечал спокойно: контрреволюционной агитацией не занимался, виновным себя не признаёт. Три месяца он провёл в тюрьме, и ответы его не менялись.

7 июня 1938 года тройка НКВД приговорила иеромонаха к расстрелу. Его перевезли в Таганскую тюрьму, где тюремный фотограф снял с него последний снимок. Преподобномученик Иона был расстрелян 4 июля 1938 года на полигоне Бутово и погребён в общей безвестной могиле.