Преподобный Иоанн Зедазнийский был главой тринадцати сирийских, или каппадокийских, отцов — подвижников, которые в середине VI века пришли из Каппадокии в Грузию и положили начало грузинскому монашеству. Среди его учеников были Авив, епископ Некресский, Антоний Марткобский, Давид Гареджийский, Шио Мгвимский и другие имена, хорошо известные в Грузии. Считается, что сами они, вероятно, были грузинами, получившими духовное образование в Сирии и Месопотамии — в Лавре Симеона Столпника и других монастырях — с тем, чтобы вернуться на родину и просвещать её.

Сам преподобный Иоанн учился в Антиохии. О месте его рождения и о родителях ничего не сохранилось. Монашество он принял в молодости и жил уединённо, стяжав удивительную кротость, смирение и дар чудотворения. Слава о его подвигах собрала к нему множество учеников; из них он выбрал по жребию двенадцать и, по повелению Божией Матери, отправился с этими спутниками в Грузию. По дороге они получили благословение от преподобного Симеона Столпника Младшего, а в древней столице Мцхета перешли реку Куру, не замочив ног. Их радостно встретили народ, царь и католикос; летописцы пишут, что пришедшие обратились к встречавшим по-грузински, а войдя в соборный храм Светицховели, простёрлись перед Животворящим Столпом и благодарили Бога.

По благословению католикоса преподобный Иоанн с учениками поселился на горе Зедазени, где прежде стояло языческое капище, — отсюда и его прозвание. Жили подвижники в шалашах, питались травами и кореньями и постоянно молились; к ним стекалось множество больных, получавших исцеление по их молитвам.

Когда двоих учеников избрали епископами, преподобному во сне явилась Божия Матерь и велела разослать остальных по разным местам Грузии — проповедовать и наставлять. Ученики разошлись в Кахетию и Карталинию: они учили народ вере, разрушали оставшиеся в горах капища, ставили вместо них кресты и храмы и заводили среди людей порядок и гражданственность. Каждый основал свою обитель — в Икалто, у подножия Зедазени, в Самтависи, близ Улумби, у Брети, у Хирсы; в большинстве этих храмов потом и положили их мощи.

Разослав учеников, преподобный Иоанн оставил при себе диакона Илию и углубился в молитву. Он изгнал именем Христовым злых духов из окрестностей Мцхета, и по его молитве на горе забил источник целебной воды. Получив извещение о близкой смерти, он призвал диакона Илию и святого Фаддея и завещал похоронить себя в тесной пещере на горе, там, где подвизался. Причастившись Святых Тайн, он увидел отверстое небо и воинство небесных сил со множеством святых и в духовном восторге предал душу Господу. Кончина его последовала между 557 и 560 годами.

Ученики, забыв завещание, перенесли тело в монастырь у подножия горы и положили в особом склепе. Земля вокруг заколебалась, и сотрясения не прекращались, пока святого не положили в пещере на вершине, как он и просил. В X веке рядом с пещерой построили церковь в честь Иоанна Крестителя, и мощи преподобного оказались в её приделе.