В миру его звали Александр Александрович Лебедев. Он родился 28 мая 1884 года в городе Чухломе Костромской губернии: отец служил секретарём съезда мировых судей, мать была дочерью секретаря земского суда. Александр окончил духовное училище и Костромскую семинарию, а в 1903 году поступил в Казанский ветеринарный институт. В Казани он и определился с дорогой. Он постоянно бывал на службах в Спасском монастыре, первым его наставником стал настоятель архимандрит Варсонофий, а схиархимандрит Гавриил (Зырянов), которому юноша открыл своё желание уйти в монахи, в 1905 году благословил его на иночество, сказав, что желание монашества есть звание Божие. Родители благословение дали, но настоятель Смоленской Зосимовой пустыни игумен Герман велел сначала окончить институт. Александр послушался и, сдав последние экзамены, даже не дождавшись диплома, 4 мая 1908 года пришёл в обитель.

Начинал он с самого простого — пас скот, лечил монастырских животных, потом пел на клиросе, работал в аптеке и в просфорне, продавал книги и иконы в лавке, был на полевых работах и заведовал конным двором. В 1910 году его постригли в рясофор, а в 1915-м — в мантию с именем Агафон. Вскоре после пострига он тяжело заболел гриппом, который дал осложнение на мозг; последствием на всю жизнь остался паркинсонизм — трясущиеся руки, скованность движений, затруднённая речь. В 1918 году его рукоположили во иеродиакона, а в 1920-м Патриарх Тихон — во иеромонаха.

В 1923 году скончался игумен Герман, пустынь закрыли, и отец Агафон перебрался в Москву. Осенью того же года епископ Варфоломей (Ремов) позвал зосимовцев в братство Высокопетровского монастыря, а в 1924 году возвёл отца Агафона в сан архимандрита и назначил наместником. Главным его делом стала исповедь. Владыка отдал ему левый клирос Сергиевского храма; поначалу там ждали два-три человека, потом собралась самая большая в монастыре паства. Исповедовал он сидя, слушал внимательно, говорил мало — но иногда одно слово доходило до самой глубины. От приходящих он требовал полной откровенности: «Орешек надо расколоть», — говорил он тем, кто показывал только скорлупу.

С 1926 года, по благословению владыки, он начал тайно постригать своих духовных детей в рясофор — не больше: «В ряске проскочишь, а в мантии запутаешься», ведь жить им предстояло в миру, без стен и без монашеской одежды. Тогда же в Москве появился и маленький «Знаменский» скит на чердаке высокого дома в Печатниковом переулке. Схиму он принял по болезни, в день памяти игумена Германа. Новое имя — Игнатий — было дано в честь священномученика Игнатия Богоносца и вместе с тем в память о святителе Игнатии (Брянчанинове), чьи труды он любил с молодости. В декабре 1931 года его арестовали и продержали в тюрьме десять дней. В 1934 году церковное начальство под давлением НКВД запретило ему принимать народ, и он был отправлен на покой.

10 апреля 1935 года его арестовали и заключили в Бутырскую тюрьму. Сотрудники НКВД писали в обоснование ареста, что архимандрит «разыгрывает из себя юродивого» и искусственно трясёт руками, — болезнь они приняли за притворство. Тюремные врачи в июне освидетельствовали его и заключили: поражение центральной нервной системы, к труду не годен. Это не помешало Особому Совещанию приговорить его к пяти годам лагеря.

Сначала был Саровский лагерь — в стенах бывшей обители. «С Ним везде хорошо, и на Фаворе, и на Голгофе», — писал он оттуда духовным детям. Потом перевод под Нижний Новгород, а затем лагерь для инвалидов близ Алатыря. Кормили плохо, посылки доходили не полностью, появились признаки пеллагры. Последнее письмо он уже не смог написать сам и продиктовал. Схиархимандрит Игнатий умер в лагерном лазарете на рассвете 11 сентября 1938 года. Приехавшей позже монахине Евпраксии показали небольшой могильный холмик на лагерном кладбище.