Преподобный Филарет, в миру Фома Данилевский, родился в 1777 году на Украине, в благочестивой семье. Первые уроки веры он получил от матери Феодосии, а начальное образование — от старицы, вдовы протоиерея, имя которой не сохранилось. Мальчиком он уже помогал причетникам читать и петь, а вскоре выучил и церковный устав.

Юношей он попал в Киево-Печерскую лавру, где начальник Дальних пещер иеромонах Трифиллий взял его келейником и канонархом. Прозорливый старец предсказал, что Фома будет монахом и начальником над монахами. Три года прошли под его руководством, потом была служба причетником войсковой церкви в Черноморском казачьем войске, потом возвращение в Лавру, где он сблизился с иеромонахом Антонием (Смирницким), будущим архиепископом Воронежским.

В 1802 году Фома перешёл в Софрониеву пустынь Курской епархии, под начало архимандрита Феодосия — друга старца Паисия Величковского. Как знатока пения его сразу поставили управлять клиросом, а в том же году постригли с именем Филарет, что по-гречески значит «любитель добродетели». Отец Феодосий сам вводил новопостриженного в делание непрестанной молитвы и очищение ума от помыслов. В 1803 году Филарет стал иеродиаконом и уставщиком, в 1806-м — иеромонахом и благочинным. Некоторое время он жил в отдельной келье в саду, изучая творения святых отцов, и там же вынес тяжёлую внутреннюю брань. Постепенно он приобрёл дар духовного рассуждения, и старцы старше его годами стали приходить к нему за разрешением своих недоумений.

После пятнадцати лет в Софрониевой пустыни Глинское братство избрало его настоятелем. 6 июня 1817 года он прибыл в Глинскую пустынь и застал её в жалком состоянии: беспорядочно разбросанные ветхие кельи, единственное каменное здание — церковь, требовавшая ремонта, испорченный сыростью иконостас, пустая казна и кончившийся хлеб. Братии он говорил, что Матерь Божия их собрала, Она о них и позаботится, а им следует учиться терпению. Однажды три дня в обители не было хлеба; на третий день малодушные пришли проситься прочь, настоятель уговорил их потерпеть — и ночью пришёл обоз в тридцать возов муки от неизвестного жертвователя.

Главным своим делом он считал не постройки, а устроение внутренней жизни. От новоначальных требовалось отсечение своей воли и послушание; гордость он выпалывал послушанием, самолюбие — отсечением воли, высокоумие — смирением. По образцу Софрониевой пустыни он ввёл старчество с ежедневным откровением помыслов старцу и написал для обители устав по афонскому чиноположению, утверждённый Святейшим Синодом в 1821 году. Позже этот устав переняли и другие общежития.

Переменилась и внешность обители: ветхие постройки снесли, и по новому плану поднялись Иверская каменная церковь над святыми вратами, трапезный корпус, братские корпуса, больница, мастерские, хозяйственные здания, каменная ограда; братство выросло втрое. Сам настоятель занимал крошечную келью с одним окном, спал на деревянной скамье с мешком сена, ночами читал, писал письма и принимал братию, а с первым полуночным ударом колокола шёл на утреню. Руки его были в мозолях от постоянной работы. В последний год жизни он питался одной ячневой кашей без соли и масла.

Господь дал ему дар непрестанной сердечной молитвы, а с ним и прозорливость. По его молитве исцелялись болящие; в ночь на 2 января 1833 года он видел с крыльца своей кельи, как душа преподобного Серафима Саровского возносится на небо, и сказал об этом братии прежде, чем пришла весть о кончине саровского старца. За два года до смерти он предсказал свою кончину и указал преемника. Скончался преподобный 31 марта 1841 года, в понедельник Светлой седмицы, причастившись и простившись с братией, на 64-м году жизни. Похоронили его, по завещанию, у порога храма — чтобы поминали все входящие. Память — 13 апреля и 22 сентября.