Преподобномученик Афанасий Брестский был родом из благочестивой белорусской семьи Филипповичей; на свет он появился около 1597 года. Почти в то же время, в 1596 году, в Бресте была заключена уния между частью православных Юго-Западной Руси, входившей тогда в Польско-Литовское государство, и Римо-Католической Церковью. Православный Собор того же года ответил обетом не подчиняться отступившим владыкам, держаться своей веры и старого календаря. Этот обет и стал делом всей жизни святого.

В молодости он преподавал в домах польской шляхты, был учителем и у литовского канцлера Льва Сапеги. Разгул, который он там видел, лишь укрепил желание уйти из мира. В 1627 году он принял постриг в виленском Свято-Духовском монастыре от игумена Иосифа. Дальше были послушания в Кутеинском монастыре под Оршею и в Межигорском под Киевом, сан иеромонаха и наместничество в Дубойской обители под Пинском. Когда в 1636 году обитель перешла к иезуитам, его перевели в Купятицкий монастырь, откуда он ходил за подаянием в Москву — путь был трудный и опасный.

В 1640 году святой Афанасий стал игуменом Симеонова монастыря в Бресте. Первым делом он разыскал старые епископские и королевские грамоты, подтверждавшие права обители, нашёл в них слова о том, что уния осуждена навеки, — и стал открыто говорить об этом в храме и вне храма. Тревога среди униатов поднялась по всему воеводству. В 1641 году он поехал на сейм в Варшаву отстаивать свободу православного богослужения, но получил отказ, и поддержки у влиятельных духовных лиц тоже не нашёл.

В 1643 году он отправился на сейм снова — с образками Купятицкой иконы Богоматери и с письменным предостережением, которое раздал знатнейшим членам сейма и самому королю. Речь о притеснениях, которые терпели православные, вызвала явное неудовольствие, и его отправили на суд к киевскому митрополиту Петру Могиле. В Киеве он был оправдан и по просьбе братии вернулся на игуменство. В ноябре 1644 года его взяли под стражу, отвезли в Варшаву и больше года держали в оковах. Из тюрьмы он написал королю Владиславу IV три послания, одно из них — на сейм 1645 года.

Его велено было убрать туда, где он никого не потревожит, и митрополит оставил игумена в Киево-Печерском монастыре. Там святой Афанасий написал «Диариуш» — дневник, обличающий унию, один из заметных памятников общественной мысли того века. После кончины Петра Могилы в январе 1647 года он вернулся к игуменству в Бресте.

В июле 1648 года его арестовали по ложному обвинению в помощи восставшим казакам. Обвинение не подтвердилось, и тогда судьи спросили прямо: проклинал ли он унию. Он подтвердил, что проклинал, потому что она и есть проклята. В ночь на 5 сентября 1648 года его увели в сосновый бор у деревни Гершановичи, заставили выкопать себе яму и пытали раскалённым железом, требуя отречься от сказанного. Он отказался. Гайдук, которому приказали стрелять, просил у святого прощения и благословения, получил их и выстрелил, но не убил: раненный двумя мушкетными пулями игумен продолжал стоять, прислонившись к сосне. Испуганные грозой палачи столкнули его в яму живым, и там он сложил руки крестом и предал душу Господу.

Восемь месяцев тело лежало засыпанным землёй без церковного погребения. 1 мая 1649 года мальчик указал братии Симеоновского монастыря это место. Земля принадлежала иезуитам, поэтому иноки действовали тайно: ночью выкопали нетленное тело, перенесли его сначала в другое место, а утром — в свой монастырь. 8 мая его с честью погребли у правого клироса главного храма. Чтимым святым его признали вскоре после кончины.