Евгений Сергеевич Боткин родился 27 мая 1865 года в Царском Селе, в семье знаменитого врача-терапевта Сергея Петровича Боткина. Купеческий род Боткиных отличался глубокой верой и благотворительностью — Церкви помогали не только деньгами, но и трудом. Брат Пётр вспоминал о нём просто: он был бесконечно добрым и словно пришёл в мир ради людей.

Домашнее образование позволило Евгению поступить сразу в пятый класс гимназии. Отучившись год на физико-математическом факультете Петербургского университета, он перешёл в Военно-медицинскую академию: выбор был осознанным. В 1889 году он окончил её с отличием, а с января 1890-го начал работать в Мариинской больнице для бедных. Одновременно занимался наукой — иммунологией, лейкоцитозом, — в 1893 году защитил докторскую диссертацию, стажировался в Гейдельберге и Берлине, а в 1897-м стал приват-доцентом. На первой своей лекции он сказал студентам главное о врачебном деле: идти к больному человеку с любовью. Медицину он считал христианским деланием и писал сыну, что в этой работе восторг — от того, что приходится всё глубже входить в подробности Божьих творений.

С 1897 года Боткин работал в общинах сестёр милосердия Красного Креста, а с 1899-го стал главным врачом Георгиевской общины в Петербурге, где лечили беднейших, а простыми медсёстрами трудились женщины из высшего сословия. Когда началась русско-японская война, он, оставив жену и четверых детей, ушёл добровольцем на Дальний Восток помощником главноуполномоченного по медицинской части — и, занимая высокую административную должность, постоянно бывал на передовых позициях. Из его фронтовых писем составилась книга; прочитав её, императрица Александра Фёдоровна пожелала видеть его домашним врачом Царской семьи, и на Пасху 1908 года Николай II подписал указ о назначении его лейб-медиком.

Служба при дворе шла без выходных и отпусков, но человека не изменила. В Первую мировую он просился на фронт налаживать санитарную службу, однако император поручил ему остаться при государыне и детях в Царском Селе, где открывались лазареты; свой лазарет для легкораненых доктор устроил и у себя дома.

После отречения государя семью арестовали. Должность Боткина упразднили, жалованье платить перестали — он остался с ними добровольно и взял на себя роль посредника между узниками и комиссарами. В Тобольске он лечил не только Царскую семью, но и простых горожан: учёный, знавший всю медицинскую элиту России, служил как земский врач крестьянам, солдатам, рабочим. В письмах оттуда нет ни слова ропота или обиды.

В апреле 1918 года он вызвался ехать с царской четой в Екатеринбург, оставив в Тобольске своих детей. Там слугам снова предложили уйти — отказались все. Чекист Родзинский потом свидетельствовал, что Боткин заявил: хочет разделить участь семьи. В ночь с 16 на 17 июля 1918 года его расстреляли вместе с Царской семьёй в подвале Ипатьевского дома.

За несколько лет до смерти доктор получил потомственное дворянство и выбрал для герба девиз: «Верою, верностью, трудом». Икону праведного Евгения пишут в докторском облике — в тёмном сюртуке или белом халате, часто с крестом в руке; берут её врачи, студенты-медики и все, кто носит имя Евгений.