В миру его звали Василием. Родился он в 1873 году на Нименском погосте Каргопольского уезда, в семье священника Павла и Марии Казанских. В детстве любил читать жития святых и, по свидетельству жития, жалел, что в его время пострадать за веру уже не придётся.

Учился в Петрозаводской семинарии, потом в Санкт-Петербургской духовной академии. Ещё студентом вёл беседы среди рабочих. В 1895 году принял постриг с именем Вениамин, в 1897-м окончил академию и преподавал Священное Писание в Рижской семинарии; дальше был инспектором Холмской и Санкт-Петербургской семинарий, ректором Самарской и Санкт-Петербургской. В январе 1910 года его рукоположили во епископа Гдовского.

Епископом он остался приходским священником по складу. Его видели в самых бедных кварталах столицы — в простой рясе, без знаков сана: крестил ребёнка, напутствовал умирающего. Много сил отдал он и работе с падшими женщинами. Тихий голос, открытое лицо, доступность — за это его и любили, называя «наш батюшка Вениамин».

После Февральской революции архиереев стали избирать на епархиальных съездах. В Петрограде выборы прошли на редкость спокойно: подавляющее большинство голосов отдали именно ему. С марта 1917 года он архиепископ Петроградский и Ладожский, а в августе — митрополит Петроградский и Гдовский. Программу свою он обозначил сразу: Церковь должна быть свободна и далека от политики, а первое дело — наладить приходскую жизнь.

Весной 1922 года в Петрограде началось изъятие церковных ценностей. Митрополит не колебался: он благословил отдать на помощь голодающим всё, что не употребляется за богослужением, и говорил, что отдадут сами. Власть предпочла забрать имущество в принудительном порядке. 29 мая последовал арест, 10 июня начался процесс, по которому проходило ещё восемьдесят шесть человек. На суде владыка был спокоен и убеждал в невиновности других. О себе он сказал, что, каким бы ни был приговор, перекрестится и произнесёт: «Слава Тебе, Господи Боже, за всё».

Приговор объявили 5 июля. Расстреляли осуждённых на окраине города в ночь с 12 на 13 августа 1922 года: вместе с митрополитом погибли архимандрит Сергий (Шеин), профессор права Юрий Новицкий и юрист Иван Ковшаров. Символическая могила новомучеников — на братском кладбище Александро-Невской лавры, над ней поставлен крест. В лике святых митрополит прославлен в 1992 году; память совершается 13 августа и в день Собора новомучеников и исповедников Церкви Русской.