Святитель Иона родился в последней четверти XIV века в Костромской земле — источник называет и деревню близ Солигалича, и сам город Галич. Отца его звали Феодором. К иночеству мальчик стремился с ранних лет, а монашество принял двенадцати лет от роду — в одной из галичских обителей, откуда потом перебрался в Симонов монастырь в Москве.

Там его и заметил митрополит Фотий. Зайдя однажды в монастырскую пекарню, святитель увидел уснувшего от трудов инока, у которого правая рука была согнута в благословляющем жесте. Будить его он не велел, благословил спящего и предсказал присутствующим, что этот инок станет великим святителем Русской Церкви.

В 1431 году святого Иону поставили епископом на Рязанскую и Муромскую кафедру. После кончины Фотия его уже называют нареченным в русскую митрополию, но междоусобная борьба великого князя Василия II и галицкого князя Юрия Дмитриевича не позволила ему выехать в Константинополь за поставлением. Когда он всё же добрался до столицы Византии, оказалось, что патриарх уже поставил на Русскую митрополию Исидора. Тот в 1439 году принял унию на Ферраро-Флорентийском соборе, по возвращении в Москву был заточён в Чудовом монастыре, Собор русских иерархов осудил всё его дело, а сам он бежал за границу.

В декабре 1448 года в Москве созвали церковный Собор для избрания предстоятеля, и 15 декабря святитель Иона был избран митрополитом с титулом «Киевский и всея Руси». Местом пребывания он выбрал Москву — оттого его называют и Московским. С этого избрания Русская Церковь перестала зависеть от Константинополя: так началась её автокефалия.

Возглавив кафедру, он прежде всего занялся отношениями с Литовским княжеством и сумел присоединить к Москве юго-западные епархии. Он звал к миру и прекращению междоусобиц, учил покаянию и послушанию, в учительных грамотах напоминал о милосердии и добросовестном исполнении гражданских обязанностей, строго выбирал кандидатов на архиерейские кафедры и заботился о монастырях. Он обновил и украсил Успенский собор в Кремле, увеличил число чтецов и певцов, а в 1450 году благословил постройку каменных митрополичьих палат. По его молитвам исцелялись болящие разными недугами.

В 1451 году татары неожиданно подступили к Москве и сожгли окрестности. Митрополит с клиром шёл крестным ходом по городским стенам и со слезами молился об избавлении. 2 июля, в праздник Положения Ризы Пресвятой Богородицы, в рядах нападавших началось смятение, и они отступили; в память об этом святитель в том же году построил храм Положения Ризы.

Скончался святитель Иона в глубокой старости 31 марта 1461 года, во вторник Страстной седмицы, — время своей кончины он узнал заранее. 27 мая 1472 года, при перестройке Успенского собора, его мощи были обретены нетленными. Общецерковное празднование установил Московский Собор 1547 года, а в 1596 году патриарх Иов внёс его память в Собор Московских святителей. Дни памяти — 13 апреля, 9 июня и 18 октября.