Степан Пименович Наливайко появился на свет в 1898 году в благочестивой крестьянской семье — в селе Константиновке Бердянского уезда Таврической губернии. Больше всех повлияла на него мать: её заботами мальчик вырос в церковном воспитании, отлично знал Писание и полюбил читать духовные книги. Девяти лет его отдали в церковно-приходскую школу, а потом в училище при Григорие-Бизюковом монастыре. В шестнадцать он уехал в Геническ, поселился на монастырском подворье и стал петь в монастырском хоре; чувствуя нехватку знаний, два месяца усиленно изучал устав в Корсунско-Богородицком монастыре, а вернувшись домой, пел в церкви родного села.

В феврале 1917 года его мобилизовали и отправили на Румынский фронт. Летом того же года часть, где он служил, попала в плен; Степан оказался в немецком лагере. Мать добилась разрешения на его возвращение, но в Германии началась революция, условия в лагере стали такими, что грозила голодная смерть, и он бежал. Домой шёл пешком днём и ночью через Германию, Австрию и Венгрию — и добрался за четыре дня до Рождества.

Он устроился псаломщиком, женился, у них с женой родилась дочь. Но перед его глазами стоял пример праведного Алексия, человека Божия, и в апреле 1923 года Степан глубокой ночью ушёл из села странствовать. Больше сорока дней он добирался до Москвы, исповедовался в Даниловом и Донском монастырях и молился, чтобы Господь указал, как сказать правителям России правду Божию. Случай представился на похоронах архидиакона Константина Розова: когда собравшимся объявили, что погребение переносится на завтра, Степан взошёл на возвышение и сказал слово о почившем, а потом прибавил, чтобы люди не забывали Бога, крестили детей, не жили невенчанными и жили по совести. Народ стоял стеной и не давал его арестовать; понадобился целый наряд милиции.

Когда у него спросили документы, он распахнул рубашку и показал тяжёлый оловянный крест: других у него не было. В анкете на вопрос о государстве написал: «Новому Иерусалиму», о профессии — «Жнец», о воинском звании — «Воин Иисуса Христа», о политических убеждениях — «Истинно православный христианин». Так он юродствовал и на дальнейших допросах. Из Бутырской тюрьмы он написал следователю обращение к правителям русской земли — не оправдание, а призыв обратиться ко Христу; его перевели в одиночку и дали бумагу и чернила, и он продолжал писать. Товарищам по камере его присутствие было большим утешением.

В октябре 1923 года его приговорили к трём годам Соловецкого лагеря. Там он заболел цингой, у него отнялись ноги; мать приехала на свидание, и на встречу его вынесли на носилках. Заключение затягивалось: когда наконец пришло освобождение, начальник уговаривал его не возвращаться домой, потому что на родине его снова арестуют. Степан не согласился, взял справку и в сентябре 1932 года уехал к своим.

Дальше пошли мытарства: паспорта не дали, требовали то одних налогов, то других, отобрали скот. В 1934 году его осудили на пять лет за незасеянный гектар земли, оставшийся после смерти отца, — по жалобе дело пересмотрели и освободили, не довезя до лагеря. В 1935 году снова суд и три года лагерей; после жалобы в Москву пришёл ответ: оправдать со снятием судимости, а против судьи и прокурора возбудить дело. Последний приговор он получил в апреле 1941 года: Особое Совещание при НКВД дало ему пять лет лагеря. Он был отправлен в Норильск. Дочери перед этапом он сказал, что всё, в чём его обвинили, — выдумка, а осудили его за прежнюю судимость.

С началом войны переписка оборвалась. Только в начале 1945 года родные получили письмо: до конца срока оставалось три месяца, и он надеялся ещё пожить вместе с ними. Ответа на своё письмо они уже не дождались. Позже из управления лагерей сообщили, что Степан Пименович умер от голода 12 февраля 1945 года. К лику святых новомучеников и исповедников Российских его причислили на Архиерейском Соборе в августе 2000 года.