Святой изображён почти в полный рост на золотом фоне, но нижнюю часть фигуры заслоняет широкий круглый столп, у подножия которого растут кусты. Лик старческий, строгий, с длинной белой бородой; на голове — тёмный куколь, поверх золотисто-охристой рясы — тёмно-красная мантия, посередине спускается тёмный аналав с красными крестами. Правая рука поднята, ладонь обращена к зрителю, на левой стоит маленький белый храм с одной главой и крестом, поставленный на каменистое основание.

Внизу по обе стороны раскинулось озеро: вода, лесистые островки с елями, а слева на берегу — белый монастырь с высокой колокольней и главами. Такой пейзаж напоминает о Селигере, где святой подвизался на острове Столобном, и о монастыре, выросшем там после него.

Поднятая рука обращена к тому, кто молится перед иконой, храм в руке — знак обители, связанной с именем святого: перед кончиной старец предрёк, что там, где он молился, будет монастырь, и со временем Нилова пустынь действительно появилась. Нил долгие годы провёл в посте и молитве и никогда не ложился: недолго дремал сидя, с опорой на деревянные крюки в стене кельи. По его молитвам утихали озёрные бури.

На главной иконе «Преподобный Нил Столобенский (Селигерский)» святой стоит на зелёном холме, фигура видна целиком, до ступней. Правой рукой он благословляет, а на левой держит крупный белый храм с золотыми главами; по сторонам — река с монастырём на одном берегу и маленькой часовней среди елей на другом. Здесь храм маленький и одноглавый, борода длиннее и белее, озеро шире, с россыпью островов, а на первом плане стоит круглый столп, которого на главной иконе нет.

Подробнее об образе, его истории и почитании — на странице иконы «Преподобный Нил Столобенский (Селигерский)».