Преподобный Пафнутий Печерский известен одной чертой своего подвига, которую церковное предание сохранило особенно бережно: он всю жизнь плакал и вздыхал о том часе, когда душа разлучится с телом.

Мысль эта не давала ему покоя. Он помнил, что человека при исходе окружат Ангелы и духи злобы и покажут ему все его дела — и добрые, и злые, напомнят о каждой мысли и о каждом желании, в том числе о том, что он давно забыл и вовсе не считал грехом. Такое памятование и было главным деланием преподобного.

Слёзы эти не оказались напрасными: по слову Спасителя, блаженны плачущие, ибо они утешатся (Мф. 5:4). При кончине преподобный Пафнутий увидел Ангелов, которые приняли его душу и вознесли её на небо. Мощи его почивают в Феодосиевых, то есть Дальних, пещерах Киево-Печерской лавры.

Имя преподобного поминается в церковной службе — в восьмой песни канона, где к нему обращаются со словами: «Плачущих поминая блаженство, Пафнутие, всегда плакал еси».

Память его совершается 28 февраля (15 февраля по старому стилю), а также 10 сентября, в Соборе преподобных отцов Киево-Печерских Дальних пещер, и в Соборе всех преподобных отцов Киево-Печерских.

Преподобных на иконах принято писать в монашеской мантии и куколе, со свитком или чётками в руке; печерских подвижников часто изображают на фоне пещерных сводов.