Будущий священномученик родился 22 февраля 1878 года в рязанском селе Подлесная Слобода Луховицкого уезда. Отца его, священника, тоже звали Михаилом Поповым. До шести лет мальчик прожил здесь, а потом отца перевели в соседнее село Гарятово.

Михаил окончил сельскую школу, затем Зарайское духовное училище и Рязанскую духовную семинарию, после чего преподавал Закон Божий в церковно-приходской школе, а позже в земском училище Зарайского уезда. В 1902 году его рукоположили во священника к Введенской церкви села Жилконцы, а в январе 1917 года он перешёл в храм Рождества Христова в селе Нижнее Маслово Луховицкого уезда. Рано овдовев, он растил двоих детей; по хозяйству ему помогала сестра.

Летом 1937 года правление колхоза, пленум сельсовета и комсомольская организация постановили закрыть церковь в Нижнем Маслове. Для утверждения этого решения собрали сельский сход. Священник заранее объяснил верующим, что без их согласия храм закрыть нельзя, и просил прийти всех. На собрание пришли, большинство высказалось против — и церковь тогда устояла.

В феврале 1938 года сотрудники НКВД допросили председателя сельсовета и нескольких свидетелей. Поводом послужил разговор о налоге: сумма самообложения показалась священнику несоразмерной, и он сказал об этом вслух. 17 февраля 1938 года отца Михаила арестовали и в тот же день допросили. Обвинение в контрреволюционной агитации и в угрозах он отверг целиком и виновным себя не признал; на этом допросы и закончились.

21 февраля 1938 года тройка НКВД приговорила его к расстрелу. Из коломенской тюрьмы священника перевели в Таганскую в Москве. 26 февраля 1938 года священника Михаила Попова расстреляли; погребли его в общей безвестной могиле на подмосковном полигоне Бутово.

На иконе священномученика пишут в фелони и епитрахили, с крестом в руке; часто на таких образах в руке ещё и свиток. Почитают его как пастыря, который не оставил прихода и не признал за собой вины, которой не было.