Будущий митрополит родился около 1482 года в Москве. Отца его звали Леонтием, мать позже приняла постриг с именем Евфросиния, а самого мальчика крестили в честь Архистратига Михаила. Дальним родственником семьи был преподобный Иосиф Волоцкий. Рано оставшись без отца, Михаил ушёл послушником в монастырь преподобного Пафнутия Боровского, известный строгой жизнью иноков. При постриге его назвали в честь Макария Египетского. Там же он выучился книжной премудрости и иконописанию: соборный храм обители расписывал Дионисий, были в нём и иконы Андрея Рублёва.

В 1523 году митрополит Даниил поставил его архимандритом Лужецкого монастыря в Можайске, а через три года, в марте 1526 года, он стал архиепископом Великого Новгорода и Пскова. Кафедра пустовала семнадцать лет, и приезд владыки летописец описал как общую радость. Новый архиепископ посылал священников проповедовать северным народам, ввёл в новгородских монастырях общежительный устав, благоустроил Софийский собор, поновил обветшавшую икону Богоматери Знамение. Всего при нём в Новгороде было построено и украшено около сорока храмов. Он сам хоронил погибших на пожаре, собирал деньги на выкуп пленных, а во время мора и засухи созывал клир, говорил проповеди и служил молебны, после которых велел кропить освящённой водой всё вокруг.

В марте 1542 года шестидесятилетнего владыку избрали митрополитом Московским. В 1547 году он впервые в русской истории совершил царское венчание государя — не в Константинополе и не патриархом, а в Москве и митрополитом. В 1552 году он благословил поход на Казань и предсказал победу; в память о ней в Москве построили собор Покрова на Рву, известный сейчас как храм Василия Блаженного, и святитель сам его освятил.

Главным его церковным делом стали Соборы 1547 и 1549 годов, которые так и называют Макарьевскими. До них святых прославляли властью местного архиерея, и почитали их только там, где они подвизались. Митрополит взял на себя труд общецерковного прославления: на Соборах были канонизованы митрополит Иона, новгородские святители, благоверные князья Александр Невский, Всеволод Псковский и Михаил Тверской, преподобные Пафнутий Боровский и Макарий Калязинский, Никон Радонежский, Савва Сторожевский, Александр Свирский и другие. Новым святым понадобились службы и жития — за двадцать лет его правления их написали больше, чем за всё время от нашествия монголов. В 1551 году он созвал Стоглавый Собор, разбиравший вопросы церковного благочиния, иконописи и просвещения; своё название Собор получил по ста главам, в которые сложены его материалы.

Ещё в Новгороде, с 1529 года, святитель начал собирать всю читавшуюся на Руси духовную литературу — так появились Великие Макарьевские Четьи-Минеи. Первый список он вложил в новгородский Софийский собор, второй — в кремлёвский Успенский, третий получил царь. При нём же в Москве началось книгопечатание диакона Ивана Фёдорова: в послесловиях Апостола 1564 года и Часослова 1565 года сказано, что они напечатаны с его благословения.

Скончался митрополит 31 декабря 1563 года, когда ударил колокол к заутрене. Отпевали его пять архиереев в присутствии царя, и тогда же была прочитана прощальная грамота, которую он написал заранее, прося у всех молитв и прощения. Почитание началось сразу после кончины, вскоре на гробнице появилась и первая икона. Пишут святителя высоким седым старцем в золотом саккосе и зелёном омофоре, в святительской шапке.