Преподобный Иона был родом из селения Шокша, лежавшего в шестнадцати верстах от той пустыни, которую он потом основал. Места вокруг были каменистые и небогатые. Начало обители он положил в конце царствования Иоанна Васильевича Грозного: поставил деревянную церковь в честь Благовещения Пресвятой Богородицы с приделом святителя Николая Чудотворца, и вскоре к нему собралось восемь человек братии, желавших разделить пустынные труды.

Устраивал он обитель своими руками. Чтобы удобнее было ловить рыбу, преподобный сам прокопал канаву из Яшезера в соседнее озеро Сенное. По монастырским нуждам ездил верхом глухими лесными тропами — в обители долго хранились две его дорожные кожаные сумы. Он вытачивал из дерева сосуды, употреблявшиеся при богослужении, и о его работе напоминал ковш из карельской берёзы, тоже сбережённый в монастыре.

Слава о святости подвижника разошлась далеко и привела в бедную пустынь знатных вкладчиков. Жертвовали чаще всего богослужебные книги: среди дарителей были великая государыня инокиня Марфа Иоанновна и царь Василий Иоаннович Шуйский, наделивший обитель пашнями, сенокосами, лесными и рыболовными угодьями. Любовью и уважением преподобный пользовался у Соловецких игуменов Иакова и преподобного Иринарха, а также у митрополита Новгородского Исидора, которые тоже помогали монастырю. К 1628 году храмов в обители было уже два: прибавилась тёплая церковь с трапезной в честь Преображения Господня.

Время кончины преподобного точно неизвестно — вероятно, конец XVI или начало XVII столетия. Мощи его почивают под спудом в часовне под монастырской колокольней.

Преподобных на иконах принято писать в монашеском облачении, со свитком в руке; основателей обителей часто изображают с моделью построенного ими храма. Икону берут как именную носящие имя Иона и те, кому близок образ человека, устроившего своими руками целый монастырь.