Святитель Иона был пятым епископом Пермским и продолжателем дела святителя Стефана, просветителя зырян. Путь этот был опасен: двое его предшественников, святители Герасим и Питирим, погибли, исполняя свой архипастырский долг, — Питирима убили в 1455 году во время набега отряда вогульского князя Асыки.

Вскоре после этого митрополит Московский Иона рукоположил во епископа своего соимённого, благочестивого инока. В том же 1455 году владыка прибыл в Усть-Вымь — главное селение крещёных зырян, где ещё в 1383 году святитель Стефан устроил кафедру при построенном им Благовещенском храме. Принимая место, обагрённое кровью двух предшественников, епископ понимал, что его ждёт. Великий князь Василий Васильевич обещал ему защиту, и присланная московская рать в 1458–1459 годах установила в крае относительное спокойствие; Новгород и Устюг обязались по первому требованию Пермского епископа присылать военную помощь.

Заручившись поддержкой, святитель занялся главным — просвещением жителей Великой Перми, ещё державшихся прежней веры. Он неутомимо спорил с волхвами и жрецами, влиявшими на простодушный народ. В 1462 году его вызвали на прения о вере в Урос, владение местных князьков. Победив в споре, святитель обратил ко Христу одного из самых влиятельных князей — по некоторым сведениям, сына того самого Асыки; в крещении его нарекли Михаилом.

С помощью нового союзника епископ Иона взялся за искоренение капищ. За 1462–1463 годы, как выразился летописец, он окончательно крестил Великую Пермь. Там, где прежде приносили жертвы идолам, он ставил храмы, а при храмах открывал училища для детей. Из Усть-Выми он вызвал опытных священников, знавших местные обычаи, чтобы те продолжали учить новообращённых; деятельно помогали ему и иноки Троицкой Печорской пустыни, долго служившие приходскими священниками для христиан на Печоре. В Чердыни, главном поселении Перми, святитель основал монастырь во имя апостола Иоанна Богослова, а на строительство храмов щедро жертвовали жители Устюга и Новгорода. Когда в 1468 году край пострадал от набега, владыка не жалел сил, помогая пострадавшим.

Его уважали и за пределами епархии. В 1459 году его призвали в Москву на Собор, где он участвовал в составлении послания литовским епископам о хранении верности православию, а после кончины митрополита Ионы в 1461 году именно ему доверили прочесть духовное завещание почившего собравшимся архиереям.

Предчувствуя близкую смерть, святитель постарался объехать даже самые дальние места епархии, чтобы укрепить новообращённых и предостеречь их от возвращения к прежним обычаям. Он отошёл ко Господу 6 июня 1470 года, прослужив на Пермской земле пятнадцать лет, и был погребён в Усть-Выми, в Благовещенской церкви, рядом со святителями Герасимом и Питиримом, — так все трое и почивают вместе. Общая память трём Пермским святителям установлена соборным определением в 1607 году, при патриархе Гермогене.

Благовещенский храм с приделом взорвали летом 1936 года, и полвека место пребывало в запустении. В 1995 году, в год подготовки к юбилею святителя Стефана, здесь провели раскопки и убедились, что захоронение не потревожено; на старом фундаменте восстановили часовню, которую освятил Патриарх Алексий II. Сейчас над мощами трёх святителей стоит рака, и прийти помолиться может любой паломник.