Священномученик Иннокентий родился 12 февраля 1878 года в селе Ушковское-Чумаково Томской губернии, в семье священника Арсения Кикина. Окончив в 1899 году Томскую духовную семинарию, он был определён псаломщиком, затем учителем подготовительных классов Томского духовного училища, а в сентябре 1910 года стал священником Никольской церкви села Нижне-Каменское Барнаульского уезда — ныне это Ордынский район Новосибирской области. Там он прослужил двадцать семь лет, до самого ареста.

Летом 1937 года сотрудники НКВД арестовали целую группу духовенства Ордынского благочиния. Отца Иннокентия взяли 28 июля, сначала держали при местном отделении милиции, потом перевели в новосибирскую тюрьму. Вместе с ним по делу проходил его давний знакомый — благочинный протоиерей Николай Ермолов, с которым они познакомились ещё в 1924 году, когда тот приезжал выяснять, не примкнул ли каменский священник к обновленцам.

Протоколы допросов сохранили спокойный и очень конкретный голос сельского батюшки. На вопрос о церковном течении он ответил, что принадлежит к тихоновскому, староцерковному. Когда его обвинили в срыве антирелигиозной беседы, он рассказал, как всё было: после службы в сторожке говорили о ремонте храма, пришла прихожанка со слухом, что церковь будут закрывать, он объяснил, что на беседе будут говорить, будто Бога нет, — и отправил всех со словами «ступайте с Богом на беседу».

Отдельно его спрашивали, был ли он против закрытия храма. Отец Иннокентий ответил прямо: был и приложил к этому много сил. Он объяснил и своё понимание происходящего: церковь не закрыли раньше потому, что её надо было отремонтировать, а денег у сельсовета не было — рассчитывали на средства церковного совета, чтобы отобрать здание уже после ремонта. И добавил, что его арест понадобился затем, что без него храм отобрать легче: среди верующих не осталось человека, знающего законы. Он рассказал и о том, как собирал общину: после богослужения объявил, что желающие быть членами религиозного общества могут заявить об этом лично или подать заявление, — так набралось триста подписей по трём деревням.

Когда следователь заявил, что священник распространял в церкви контрреволюционные листовки, отец Иннокентий описал единственный подходящий случай: в Николин день после службы незнакомый молодой человек начал громко читать какую-то бумагу, будто бы найденную в Иерусалиме и написанную золотыми буквами, — и священник тут же обратился к народу, чтобы его не слушали, а самого чтеца велел вывести.

Обвинение в участии в контрреволюционной организации он отверг полностью, а на очной ставке не подтвердил показаний лжесвидетеля. Последний допрос состоялся 20 сентября; виновным себя он не признал.

1 октября 1937 года тройка НКВД вынесла обоим священникам смертный приговор. Протоиерея Николая Ермолова и священника Иннокентия Кикина расстреляли 26 октября 1937 года в Новосибирске; похоронили их в общей безвестной могиле. Память их совершается в день кончины, в день Собора новомучеников и исповедников Российских и в день Собора Сибирских святых.