Царь Феодор Иоаннович родился в Москве 11 мая 1557 года, младшим сыном Иоанна IV Грозного и Анастасии Романовны. Наследником он стал после того, как в ноябре 1582 года погиб от руки отца его старший брат Иоанн. На царство Феодор вступил в марте 1584 года, венчание совершилось 31 мая того же года. Женат он был на Ирине Феодоровне, сестре Бориса Годунова.

Современники описывали его согласно: тихий, ласковый, милостивый и чрезвычайно набожный. День царя начинался около четырёх утра с молитвы и встречи с духовником; к обедне он ехал часам к девяти и выстаивал двухчасовую службу, а каждую неделю отправлялся на богомолье в один из ближних монастырей. Князь Катырев-Ростовский писал о нём, что монашество в этом царе было сплетено с царством без раздвоения. Историк Ключевский называл его блаженным на престоле — из тех нищих духом, кому обещано Царство Небесное.

Главное событие его правления — установление на Руси патриаршества. Переговоры с Константинополем шли с начала 1580-х годов, а в 1588 году в Москву прибыл патриарх Иеремия II. Собор русских архиереев в январе 1589 года назвал трёх кандидатов, и царь выбрал митрополита Иова, которого сам двумя годами ранее поставил на московскую кафедру. 26 января состоялась интронизация: два патриарха вместе служили литургию, а царь вручил новому предстоятелю жезл святителя Петра.

При Феодоре Иоанновиче Россия вернула по Тявзинскому миру 1595 года Ивангород, Копорье, Ям и Корелу; строились города в Сибири и на южных рубежах — Тобольск, Тюмень, Сургут, Саратов, Самара, Воронеж, Царицын. В 1591 году под стенами Данилова монастыря отбили последнее нападение ордынского войска на Москву. Тогда же грузинский царь Александр просил принять Иверию под руку русского государя, и договор был заключён.

Последние годы омрачила угличская трагедия: в мае 1591 года погиб младший брат царя, отрок Димитрий, единственный наследник после бездетного Феодора. Сам государь скончался 7 января 1598 года; по свидетельству патриарха Иова, в предсмертные часы он говорил с кем-то незримым, называя его великим Святителем. С его смертью пресеклась на московском престоле династия Рюриковичей. Погребён царь в Архангельском соборе Кремля.

Почитание началось вскоре после кончины: патриарх Иов составил повесть о его житии, а иконные изображения царя с нимбом известны с начала XVII века. Благоверных государей принято писать в царском одеянии, с венцом на голове. Память — 6 сентября.