Алексей Степанович Орлов родился 8 февраля 1862 года в Самаре, в бедной семье псаломщика. Семья была глубоко верующей. Он окончил Санкт-Петербургскую духовную академию кандидатом богословия, в 1895 году был рукоположен во священника и служил в самарских храмах, а затем, уже протоиереем, в самарском кафедральном соборе. Овдовев в 1922 году, он тогда же принял монашество.

В 1923 году его хиротонисали во епископа Бугульминского — и в конце того же года он уклонился в обновленческий раскол. Пробыл он там недолго: в 1924 году в том же самарском соборе, где служил столько лет, епископ Алексий всенародно принёс покаяние и был принят обратно в Церковь в прежнем сане. Дальше пошли кафедры одна за другой: Курганская, Малмыжская, Енотаевская, Сызранская.

Астраханцы вспоминали его как человека скромного, простого в обхождении и обаятельного: аскетичный, он служил каждый день, высокого роста, с бородой до пояса и доброй улыбкой. Почему его вдруг убрали из города, стало известно только через два года из его собственного письма. Он купил стопу почтовой бумаги, на каждом листе которой стоял жирный типографский лозунг «Религия — орудие угнетения трудящихся масс». Владыка ловко переделал одно слово: получилось «орудие утешения». В таком виде бумага и разошлась по его переписке — а его отправили в Сызрань.

В августе 1931 года он был назначен епископом Омским, в 1933-м возведён в архиепископы. 24 апреля 1935 года последовал арест. Из материалов допросов видно, чем он на самом деле занимался: объяснял пастве, чем опасен раскол, помогал деньгами ссыльному духовенству, поддерживал бежавших из ссылки, заботился о нуждах прихожан и резко отозвался на взрыв Ильинской церкви в Омске. В октябре 1935 года его приговорили к пяти годам ссылки в Казахстан.

В декабре 1936 года владыка прибыл в городок Мирзоян под Чимкентом. Там он помогал верующим оформить церковную общину: составлял списки, писал заявление в райисполком, объяснял неграмотным, куда идти, и, несмотря на запреты, совершал требы по просьбам людей. 15 мая 1937 года его арестовали снова — по одному делу с митрополитами Кириллом (Смирновым) и Иосифом (Петровых), расстрелянными в Чимкенте. На последнем допросе протокол занял две строчки: от показаний отказался. 26 августа 1937 года тройка приговорила его к расстрелу, и 4 сентября приговор привели в исполнение близ Чимкента, у Лисьей балки. Место погребения неизвестно. В 2000 году архиепископ Алексий был причислен к сонму новомучеников.