Преподобноисповедник Агапит родился 4 ноября 1894 года в Гатчине, в семье высокопоставленного чиновника барона Михаила Таубе, и в крещении получил имя отца — Михаил.

Начало жизни было обычным для человека его круга: гимназия, юридический факультет Санкт-Петербургского университета. Доучиться не вышло — с третьего курса, в 1916 году, его призвали в армию. Служил младшим офицером батареи в артиллерийском дивизионе, был прапорщиком, затем подпоручиком и помощником командира батареи; в боях того же года получил тяжёлое ранение и попал в госпиталь. В 1918-м снова призыв: комиссариат продовольствия по Северной области, потом штабная работа адъютантом и делопроизводителем.

Демобилизовавшись в 1922 году, Михаил поступил сотрудником в музей, устроенный новой властью на месте закрытой Оптиной пустыни, и стал хранителем монастырского книжного собрания, переданного музею. Так недавний офицер оказался наедине с рукописями редкой духовной глубины.

В Оптиной он стал духовным сыном сначала старца Нектария, а потом иеромонаха Никона (Беляева) — тот и постриг его в мантию с именем Агапит. Знавшие его в те годы вспоминали высокого, худого, всегда сосредоточенного человека, который искал в христианстве не столько утешения, сколько подвига; многим казалось, что он станет епископом и богословом.

В музее он проработал до мая 1925 года, потом был уволен и жил то на родине, то поближе к Оптиной, зарабатывая уроками иностранных языков и готовясь к священству. Отец Никон писал ему об этом летом 1927 года, но отправить письмо не успел: 16 июня монаха Агапита арестовали, а через месяц взяли и его духовного отца. Одна подробность говорит о нём больше многих слов: до ареста он ходил в светской одежде, а когда за ним пришли, с радостью надел рясу и ушёл в тюрьму открытым христианином.

На допросе следователь спросил, кто и где его постригал. Отец Агапит отвечать отказался: такой статьи в уголовном кодексе нет, а вопрос касается его личной жизни. На этом допросы и кончились. В декабре 1927 года Особое совещание при коллегии ОГПУ дало ему три года лагеря; он оказался в Кеми, где первое время жил вместе с отцом Никоном, а затем был отправлен на лагерную командировку в лес, к побережью Белого моря. По окончании срока — три года ссылки в Архангельск, куда он ехал одним этапом с духовным отцом.

В 1931 году его арестовали снова, по делу архиепископа Антония (Быстрова), и держали на лагпункте близ станции Пинюг. Виновным в антисоветской агитации он себя не признал. В декабре того же года последовали ещё три года заключения — Мариинские лагеря в Сибири.

Отбыв срок, он поселился в Орле, где тогда жило много вернувшихся из лагерей и ссылок, изредка приезжал в Москву к знакомым по Оптиной. В начале 1936 года у него нашли опухоль языка. Операцию сделали, но врачи предупредили о последствиях, и вторая опухоль оказалась неоперабельной. Перед отъездом в Орёл он простился со всеми спокойно и просто, будто расставался ненадолго.

Последние месяцы он не мог ни есть, ни говорить, но, пока держали ноги, ходил в храм, а хозяйке дома писал записки. 18 июля 1936 года он постучал ей в стену, как условились заранее; войдя, она увидела, что он лежит, не отводя глаз от иконы Божией Матери. Потом она говорила, что переносил он страдания так светло, что она молится о нём как о святом. Могила его в Орле утрачена.