Будущий старец родился 28 октября 1884 года в селе Космодемьянское Орловской губернии, в крестьянской семье Василия и Матроны Фоминых, и в крещении был назван Стефаном. Братьев было трое: Иларион, Роман и он, младший. Осиротели рано — отца не стало, когда Стефану было четыре года, мать умерла на следующий год. Для тяжёлой крестьянской работы он оказался слаб здоровьем, чаще пас скот, а самой большой радостью были поездки к среднему брату, ушедшему послушником в Оптину пустынь.

В 1909 году, 3 января, Стефана взяли келейником к оптинскому старцу Иосифу (Литовкину). После кончины старца в мае 1911 года он остался келейником у преподобного Нектария (Тихонова) и перешёл под его духовное руководство, а в марте 1912 года был определён в число братии. Постриг с именем Севастиан — в честь мученика Севастиана — он принял в 1917 году. О тех годах он вспоминал коротко: со старцем жили как с родным отцом — и молились, и ели, и книги читали сообща.

После закрытия Оптиной пустыни братию в августе 1923 года выселили за двое суток, и монахи разошлись кто куда; иеродиакон Севастиан поселился в Козельске. В 1927 году он стал иеромонахом, с 1928 года служил в Ильинской церкви города Козлова, а затем, когда в храм он стал только ходить молиться, совершал службы прямо в квартире, где жил. В феврале 1933 года его арестовали вместе с помогавшими ему монахинями, а 2 июня тройка ОГПУ дала семь лет лагеря. Сначала был лесоповал в Тамбовской области, потом — карагандинский лагерь, посёлок Долинка, куда он прибыл с этапом в мае 1934 года. От него требовали отречения; он отказался. По слабости сил его ставили хлеборезом, сторожем склада, водовозом: зимой, привозя воду на быках, грел о животное окоченевшие руки, а варежки, которые ему дарили жители, назавтра у него уже не появлялись.

Освободили его 29 апреля 1939 года. Ехать обратно в Россию он не стал, хотя однажды и съездил в Тамбовскую область: вернулся, решив, что место его служения именно здесь, среди ссыльных и раскулаченных, свезённых в казахстанскую степь. В посёлке Большая Михайловка образовалась небольшая монашеская община; службы долго шли по домам, с завешенными одеялами окнами. Хлопоты об открытии храма тянулись годами, и только в 1955 году власти разрешили зарегистрировать общину. Жилой дом переделали в церковь: поднимать крышу запретили, и тогда за одну ночь на метр углубили пол, вывезя грузовиками полсотни кубометров земли. Настоятелем этого храма отец Севастиан оставался одиннадцать лет, до самой смерти. В 1957 году его возвели в сан архимандрита, и, держа в руках митру, он сказал, что спасает не она, а добрые дела по вере.

За три дня до кончины, 16 апреля 1966 года, он был пострижен в схиму приехавшим епископом Волоколамским Питиримом. Умер он на Радоницу, 19 апреля 1966 года. Гроб несли на руках через весь город, и толпа пела пасхальное «Христос воскресе». Мощи преподобноисповедника обрели 22 октября 1997 года; ныне они в Свято-Введенском соборе Караганды. На иконах старцев по обычаю пишут в монашеском облачении, с благословляющей рукой или свитком; узнают такой образ прежде всего по надписанию имени.