Преподобномученик Рафаил родился 20 июля 1886 года в селе Юрты Ливенского уезда Орловской губернии, в крестьянской семье Георгия Тюпина, и в крещении был назван Борисом. Окончил сельскую школу, а в 1912 году поступил в Оптину пустынь, где нёс послушание повара.

В 1914 году его призвали на фронт. Вскоре он был ранен, попал в лазарет, а долечиваться его направили в Оптину — при монастыре тогда устроили госпиталь. Выздоровев, он остался в обители. После её закрытия в 1918 году Бориса снова мобилизовали, но он заболел, был оставлен в Ливнах и оттуда уехал в Москву. В 1922 году в Златоустовском монастыре он принял постриг с именем Рафаил, а в 1926 году был рукоположён во иеромонаха.

Несколько лет отец Рафаил служил в храме села Латынино в Калужской области, а затем стал настоятелем церкви в честь иконы «Всех скорбящих Радость» в селе Шарапово. Он был ревностным пастырем и молитвенником; слава о священнике, чьи молитвы слышит Господь, быстро разошлась среди крестьян, и к нему стали приходить за советом. Особенно занимал следователей случай исцеления тяжело больной женщины: её недуг подтверждали и односельчане, и врачи, которые не смогли ей помочь, а о самом исцелении одинаково свидетельствовали и верующие, и неверующие.

В апреле 1932 года иеромонаха арестовали и заключили в серпуховскую тюрьму, а 3 июня тройка приговорила его к трём годам ссылки в Казахстан. Вернувшись, он служил в нескольких приходах Московской области, но власти раз за разом отказывали ему в регистрации. В 1937 году его направили в распоряжение нижегородского митрополита, а после ареста владыки отец Рафаил оставил попытки устроиться на приход: поселился в деревне Маклино под Малоярославцем и зарабатывал на жизнь сапожным ремеслом.

29 ноября 1937 года его арестовали снова. На допросе он спокойно отвечал на вопросы следователя и виновным себя не признал. 9 декабря тройка НКВД вынесла смертный приговор. Иеромонаха Рафаила расстреляли 11 декабря 1937 года; погребли его в общей безвестной могиле на полигоне Бутово под Москвой.