Половину жизни будущий святитель прожил мирянином. Он родился 6 ноября 1623 года во Владимирской земле; в миру его звали Михаилом. Он был женат, растил сына Ивана и служил священником в селе Сидоровском Суздальской епархии. Овдовев на сороковом году, он ушёл в Золотниковский Успенский монастырь под Суздалем и принял там постриг с именем Митрофан.

Дальше всё пошло быстро. Через три года братия соседнего Яхромского Космина монастыря, оставшаяся без настоятеля, выпросила его себе в игумены; этой обителью он управлял десять лет и построил здесь храм в честь Нерукотворного Образа Спасителя. В 1675 году патриарх Иоаким возвёл его в сан архимандрита и поручил ему более обширный Унженский монастырь в Костромской земле, где святитель настоятельствовал около семи лет. Когда в 1682 году учреждали новую Воронежскую епархию, первым её епископом царь Феодор Алексеевич предложил именно его.

На кафедре он пробыл двадцать лет, до самой кончины. Начал с каменного Благовещенского собора в Воронеже — освятили его в 1692 году. За годы его святительства число храмов в епархии выросло со ста восьмидесяти двух до двухсот тридцати девяти, было основано два монастыря. Собственный быт святителя при этом оставался более чем скромным: дом его служил гостиницей для странников и лечебницей для больных, он опекал вдов и сирот, заступался за обиженных, а имена воинов, павших за Отечество, вписывал в свой синодик и поминал.

Особая страница — отношения с Петром I. Святитель одобрил и материально поддержал постройку флота в Воронеже, а после победы под Азовом в 1696 году царь повелел ему именоваться епископом Воронежским и Азовским. Но когда царь позвал его в свой воронежский дворец, епископ идти отказался: у входа стояли античные статуи. Разгневанный Пётр стал грозить ему смертью — святитель начал к ней готовиться, предпочитая умереть, чем одобрить неприемлемое для христианина. Царь уступил, статуи убрал, и мир был восстановлен.

Любимым размышлением святителя была память о смерти, а любимой молитвой — молитва об умерших. В «Духовном завещании» он оставил правило, которое легко запомнить: «употреби труд, храни умеренность — богат будешь», а дальше о том, что воздержание в питье и еде даёт здоровье, а добрые дела — спасение.

Незадолго до кончины святитель принял схиму с именем Макарий. Он скончался в 1703 году в глубокой старости; на погребении в воронежском Благовещенском соборе царь своими руками помогал нести гроб, почитая его за святого старца. С 1820-х годов число богомольцев у гробницы заметно выросло, там стали записывать чудеса, и в 1832 году, после освидетельствования, последовала канонизация. От мощей святителя происходили исцеления страждущих телесными и душевными недугами. Память — 6 декабря и 20 августа.