Преподобный Харитон пострадал в городе Иконии, во время одного из гонений на христиан при императорах Галерии, Максимиане или Ликинии — то есть в начале IV века. Укрепляла его память о святой первомученице Фекле, уроженке того же города, которую он особенно чтил. На суде он открыто обличил языческих богов и исповедал веру во Христа, претерпел жестокие мучения, но остался жив. Когда гонение утихло, его выпустили на свободу — отсюда и наименование «исповедник»: он пострадал за веру, но не был казнён.

Всю дальнейшую жизнь он посвятил Богу. По дороге в Иерусалим, куда он шёл поклониться святым местам, на него напали разбойники: связали и бросили в пещеру, собираясь позже убить, а сами ушли на промысел. Святой молился и благодарил Бога, готовясь к смерти. Тем временем в пещеру заползла змея; она пила из оставленного сосуда и отравила вино своим ядом. Вернувшись, разбойники напились и погибли все до одного.

Награбленное золото Харитон раздал нищим и монастырям, а в разбойничьей пещере устроил церковь. Он остался жить на месте своего спасения, вокруг него собрались ученики — так возникла знаменитая в Палестине Фаранская Лавра, для которой преподобный сам составил строгий устав.

Стремясь к уединению, он уходил всё дальше в пустыню, но и там не отказывал тем, кто искал его наставлений, и основал ещё две обители — Иерихонскую и Сукийскую, прозванную «Ветхой Лаврой». Последние годы он провёл в пещере на горе близ Сукийской обители, продолжая руководить братией всех трёх монастырей. По преданию, именно он составил чин иноческого пострижения.

Скончался преподобный Харитон в глубокой старости и, по собственному завещанию, был погребён в Фаранской обители — в церкви, устроенной на месте той самой пещеры. Память его совершается 11 октября; это один из именинных дней для тех, кого зовут Харитоном.

Преподобных принято писать в монашеском одеянии, со свитком или чётками в руке; узнают образ по надписанию имени.