Отец Владимир происходил из рода Пиксановых, где священниками были несколько поколений подряд. Фамилия появилась в семинарии: его деду, учившемуся в Пензе, дали её по названию села Пиксановка, откуда шёл род; прадед же носил фамилию Архангельский и служил дьячком в том селе.

Священником Владимир Тимофеевич стал в 1893 году. Сначала он служил псаломщиком, затем был рукоположен епископом Саратовским и Царицынским Авраамием — и оказался одним из последних ставленников этого архиерея, скончавшегося через неделю после хиротонии. В 1899 году отца Владимира перевели в большое село Павловка Хвалынского уезда, где он и прослужил до самой смерти. В прошении о переводе он писал прямо: в Павловке есть училища и вот-вот откроется второклассная церковная школа, а значит, он сможет целиком отдаться народному образованию; к тому же рядом живут престарелые родители, которым нужно, чтобы сын был близко.

Приход был велик — больше четырёх тысяч человек, и трёхпрестольный каменный храм в праздники не вмещал всех. Отец Владимир преподавал Закон Божий в двух училищах, был помощником благочинного, позже возглавлял уездное отделение епархиального училищного совета. Проповедовал он неустанно: клировая ведомость за один только 1907 год насчитала сто девятнадцать его поучений. Ученики церковноприходской школы вспоминали батюшку как доброго наставника, а взрослые шли к нему за советом в трудную минуту.

Весной 1918 года в село прислали крупный отряд — жители незадолго до того обезоружили нескольких красногвардейцев, и власти решили, что в Павловке завелась белая гвардия. Раз в селе был любимый прихожанами священник, заподозрили и его. Вечером 2 апреля, по старому стилю 20 марта, к отцу Владимиру пришли, он накормил пришедших ужином — и после ужина ему объявили об аресте. Ночью его вернули домой избитым, а утром увели снова. Идти пришлось через всё село, за конвоем шла толпа, женщины плакали и кричали, что творится неположенное. У самого храма священника расстреляли. Он успел обернуться к стрелявшим, перекрестился и произнёс: «Господи! Прими мою душу».

Тело две ночи пролежало в каретнике, отпевать в храме не позволили — отпели дома и похоронили в церковной ограде. На запрос епархиального совета из уезда ответили, что священник погиб случайно, во время перестрелки. Храм закрыли в начале тридцатых, а вскоре снесли; при строительстве на его месте клуба вскрыли и разорили церковные захоронения, в том числе могилу отца Владимира.

В Собор новомучеников и исповедников Церкви Русской имя иерея Владимира Пиксанова внесено решением Священного Синода от 15 июля 2016 года, с памятью в день кончины — 2 апреля. Новомучеников пишут в священническом облачении, с крестом в руке; для носящих имя Владимир это ещё и день именин.