Он появился на свет 2 июля 1885 года в семье священника Илариона Пастернацкого, настоятеля Покровского храма. Село называлось Дудичи, Игуменского уезда Минской губернии. Окончив в 1908 году Минскую духовную семинарию, Владимир Иларионович женился на Наталье, дочери священника Феофана Сосиновского; со временем у них родилось восемь детей.

В тот же год его рукоположили во священника к храму апостолов Петра и Павла в село Песочное — на приход тестя, который как раз тяжело заболел и последние семь лет жизни не вставал с постели. Здесь отец Владимир прослужил до 1932 года, был назначен благочинным и возведён в сан протоиерея. Уже в 1931 году семье начислили налог, которого они не потянули, и со двора увели корову.

В 1933 году в Копыльском районе закрыли все храмы, кроме одного, а священников арестовали. Отца Владимира, служившего теперь в Спасо-Вознесенской церкви Копыля, стали вызывать в НКВД и требовать, чтобы он публично отрёкся от сана. Взамен предлагали постоянную работу — например, бухгалтером. Он отказался наотрез. Тогда назначили налог, который заведомо нельзя было заплатить, а детей исключили из школы. На семейном совете священник сказал детям, что испытание послано Богом и нести его надо без ропота. Оставшись единственным священником на весь район, он с утра до ночи ездил по требам — крестил, отпевал.

В марте 1936 года его арестовали по обвинению в присвоении власти административного лица: он вёл запись тех, кого крестил и отпевал. Приговор — два года заключения. Жена с тремя младшими детьми осталась без средств, помогали прихожане. В декабре 1937 года отца Владимира освободили, он приехал к семье в Рославль — и через день был арестован снова. На допросе он отвечал коротко: виновным себя не признаю. Следователь пытался вменить ему и связь с немецкой комендатурой, стоявшей в его доме девять месяцев в 1918 году, и разговоры о скорой гибели советской власти.

5 января 1938 года тройка НКВД вынесла смертный приговор. Протоиерея Владимира Пастернацкого расстреляли 21 января 1938 года и похоронили в общей безвестной могиле. Через двадцать лет вдова писала, хлопоча о реабилитации: муж её не был ни вором, ни убийцей, ни врагом народа — он был проповедником Евангелия, благовествующего мир и любовь между людьми.

Новомучеников принято писать в священническом облачении, с наперсным крестом и крестом в руке; лица восстанавливают по уцелевшим фотографиям. Память отца Владимира — 21 января, и для носящих это имя день считается именинами.