В миру его звали Василий Богоявленский. Он родился 1 января 1848 года в семье священника Никифора, который и сам впоследствии принял мученическую смерть. Учился в Тамбове, в 1874 году окончил Киевскую духовную академию кандидатом богословия и вернулся преподавать в родную семинарию. В 1882 году стал священником в Козлове, вскоре — настоятелем Троицкого храма и благочинным городских церквей.

Перемену в его жизни принесло горе: умерли жена и единственный ребёнок. В 1886 году он принял постриг с именем Владимир, был возведён в архимандрита и назначен настоятелем монастыря, а через два года стал епископом Старорусским.

Дальше — кафедра за кафедрой. В 1891 году его перевели в Самару, куда одновременно пришли неурожай и холера. Владыка не отсиживался: служил молебны на городских площадях, совершал панихиды на холерном кладбище, ходил по баракам, где лежали заболевшие. Шесть лет он управлял Грузинским экзархатом — там его трудами было построено и восстановлено больше сотни храмов и открыто свыше трёхсот церковноприходских школ, а в Кутаиси устроена духовная семинария. С 1898 года он митрополит Московский и Коломенский; в эти годы он помог великой княгине Елизавете Фёдоровне основать Марфо-Мариинскую обитель. В 1912 году его назначили митрополитом Санкт-Петербургским и первенствующим членом Синода.

Столичные годы оказались тяжелейшими. Митрополит открыто не принимал Распутина и говорил об этом вслух — за что впал в немилость и в ноябре 1915 года был переведён в Киев. Патриарх Тихон позже вспоминал, что владыка был верен канонам и исповедовал свою ревность честно и смело, чем бы это ни грозило. В Киеве после переворота 1917 года начались церковные нестроения: епархиальный съезд образовал самочинное управление и позвал к «независимой» Церкви. Митрополит Владимир призывал и духовенство, и мирян избегать вражды и не допустить раскола.

25 января 1918 года в его покои ворвались вооружённые люди, вывели за стены лавры и расстреляли. Перед смертью архипастырь помолился, благословил тех, кто пришёл за ним, и сказал: «Господь вас да простит». Его гибель открыла долгий ряд гонений на Русскую Церковь. Мощи священномученика были обретены летом 1992 года и положены в Дальних пещерах Киево-Печерской лавры.

Архиереев по иконописному обычаю пишут в святительском облачении, с омофором и Евангелием; у новомучеников лик восстанавливают по фотографиям, поэтому такие образы легко узнать. Для носящих имя Владимир день памяти митрополита — один из дней именин.