В миру старца звали Владимир Тимофеевич Кишкин. Он родился в 1745 году в дворянской семье, в деревне Клюшниково под Фатежом, в Курской губернии. В монастырь ушёл ребёнком: семи лет от роду, услышав слова псалма о чистоте сердца, он оставил родительский дом и был принят на послушание в Саровскую обитель. Через четыре года отпросился в Киев, подолгу молился у мощей печерских подвижников и просил у тамошних отцов совета, где ему спасаться. Один старец отправил его в Миропольскую обитель — там через три года его и постригли с именем Василий.

Когда Миропольский монастырь упразднили, инок перешёл в Коренную пустынь Курской губернии. Оттуда он часто бывал в Задонске и стал собеседником, а потом и учеником святителя Тихона Задонского. Главным, что он вынес от святителя, житие называет науку непрестанной Иисусовой молитвы.

Известность тяготила его. Он ушёл на Афон, жил с учениками в Ильинском скиту, затем перебрался в Молдавию, но старца Паисия (Величковского) в Нямецком монастыре уже не застал — тот скончался в 1794 году. Вернувшись, в 1800 году он поселился в Белобережской пустыни, через год был рукоположен во иеромонаха и за три месяца собрал братию до шестидесяти человек. Здесь он ввёл ежедневное откровение помыслов и послушание старцу; отсюда вышли ученики, ставшие потом настоятелями других обителей.

Он умел начальствовать без нажима. Заботился прежде всего о мире между братией, раздавал послушания по силам, сам любил телесный труд. Когда монахи уходили на покос, проходил по кельям: где надо — приберёт, кому надо — оставит нехитрое утешение, бублики или пряники. Учил держать келью в чистоте, читать святых отцов и творить молитву, «нанизывая» её слова на сердце.

С 1816 года он десять лет прожил в Глинской пустыни, помогая игумену Филарету (Данилевскому) вводить строгий афонский устав: настоятель занимался внешним благоустройством, старец — внутренним. Позже, по зависти, ему пришлось уйти и оттуда; в 1827 году он перебрался в Площанскую пустынь, надорвался на тяжёлых работах и слёг. Очнувшись, он сказал, что проживёт ещё восемнадцать месяцев, и стал готовиться к смерти в уединённой келье. Скончался старец 9 мая (27 апреля) 1831 года, восьмидесяти шести лет, и был погребён между алтарями монастырского Казанского собора.

Почитание началось сразу. На могилу шли больные, брали с неё песок, записывали случаи исцелений; монастырское начальство даже устроило над захоронением гробницу с окошками. В 1924 году могилу вскрывала комиссия, но нужного захоронения не нашла. Мощи преподобного были обретены только 13 апреля 2002 года, когда возрождённая обитель начала раскопки. В месяцеслов Русской Церкви имя преподобного Василия внесено решением Архиерейского Собора 2017 года.