Будущий старец родился 24 января 1831 года в тульском селе Прудищи и в миру звался Василием Ильичом Меркуловым. Родители его, Илья и Дарья, были крепостными крестьянами — людьми добрыми и богобоязненными; сына назвали в честь святителя Василия Великого. Сам он вспоминал себя мальчиком шустрым и подвижным. Родители отдали его в школу псаломщиков, где он выучил Часослов и Псалтырь.

Потом Меркуловых продали в село Наро-Фоминское Московской губернии, и новый владелец, князь Щербатов, велел обучить подростка слесарному ремеслу. В свободное время Василий ходил в соседнюю Зосимову пустынь и там познакомился с отшельником, монахом Герондием, — эта встреча всё и решила. Окончательно он утвердился в своём выборе, съездив в 1850 году с матерью в Троице-Сергиеву лавру. Через год он ушёл туда вместе с Герондием, а в 1852 году перешёл в Гефсиманский скит в трёх верстах от лавры.

Путь к постригу оказался долгим. Вольную от помещика Василий получил только в 1856 году, послушником стал в 1857-м, а постриг принял в 1866 году — с именем Варнава. В 1871 году его рукоположили в иеродиакона, в 1872-м — в иеромонаха, а вскоре наместник лавры утвердил его народным духовником пещер Гефсиманского скита.

С этого времени о нём узнала вся Россия. К старцу шли паломники из самых далёких мест, и в воспоминаниях знавших его людей много рассказов о его прозорливости. В январе 1905 года на исповедь к нему приезжал император Николай II.

Много сил отец Варнава отдал женскому Иверскому монастырю в Выксе, который вырос из богадельни, основанной в 1863 году: его трудами к началу XX века обитель процветала. Скончался старец 17 февраля 1906 года и погребён на братском кладбище Гефсиманского скита. К лику святых его причислили в 1995 году, в день Собора Радонежских святых. Само имя, полученное им в постриге, житие переводит как «сын утешения» — и утешение было главным, чего искали у него приходившие.