В миру преподобного звали Василием Степановичем Своеземцевым, и был он новгородским посадником — одним из самых богатых людей Великого Новгорода. Ему принадлежало Заволочье с рекой Вагой и окрестностями, и этот северный край он полюбил по-настоящему.

Хлебопашество на Ваге завёл именно он. До того местные жители кормились охотой и рыбной ловлей и вымирали от болезней. Василий Степанович вкладывал в дикую тогда сторону огромные средства и особенно заботился о просвещении её жителей. Он поставил над рекой Пинежкой городок, который так и назвали Пинежским, и построил на Ваге много храмов. В Новгороде, как пишет древний повествователь, он начальствовал честно и не терпел неправды: кормил сирот, одевал нагих, лечил больных, а в доме его находили приют странники. Не раз он ездил послом от Новгорода к великим князьям.

В 1444 году Василий Степанович основал на Ваге монастырь в честь евангелиста Иоанна Богослова, дал ему земли и подтвердил дарения грамотами. А потом убедился на собственном опыте, что мирские дела — только суета, оставил Новгород, жену и детей и поступил в собственную обитель простым иноком, приняв имя Варлаам.

Жил он там очень строго. Смирением и послушанием ставил себя ниже всех, будто и не был ни основателем монастыря, ни владельцем богатых земель: за оградой знаменит, внутри — известен одними иноческими трудами. Скончался преподобный в глубокой старости в 1462 году, накануне завещав кормить в монастыре бедных и раздавать хлеб.

В 1552 году Вага сильно разлилась. Река подмыла гору, на которой стояло монастырское кладбище, и часть её обрушилась; тогда открылось много гробов, среди них гроб преподобного. Мощи оказались целыми, не истлели даже иноческие одежды. После обретения у гроба стали получать исцеления больные и слепые; позже мощи положили в Богословской церкви под спудом. Празднование преподобному установили в 1613 году, а житие его написал в 1589 году инок Антониева Сийского монастыря Иона.