Родился будущий подвижник на далёком севере, в селе Малой Немнюшке Пинежского уезда Архангельской губернии, в семье благочестивых крестьян Димитрия и Пелагии. В миру его звали Трофимом, и был он младшим из сыновей: тихий нравом, приветливый, с ранних лет державший строгий пост. Отец умер рано, и мальчик жил с матерью и братьями.

Когда родные захотели его женить, он воспротивился — единственный раз за всю жизнь не послушался старших. Отпросившись из дома будто бы по делу, Трофим ушёл навсегда. Он прошёл огромные северные пространства, терпя голод, холод и нищету, дошёл до Великого Устюга и нашёл там духовного отца — священника Иоанна. Потом жил в городке Орлеце у церкви, а оттуда перебрался в Пыскорскую обитель на Каме, где принял постриг от игумена Варлаама.

Двадцатидвухлетним монахом он не пропускал ни одной службы и нёс тяжёлое послушание — работал в монастырской пекарне. Когда он тяжело заболел, ему явился святитель Николай, исцелил его и укрепил.

Потом, ища уединения, преподобный ушёл к устью реки Мулянки — на то место, где теперь стоит город Пермь. Там он обратил в христианство язычников, остяков и вогулов. Затем удалился на реку Чусовую и основал монастырь в честь Успения Пресвятой Богородицы. В 1580 году пришёл в вятский город Хлынов, основал и там Успенский монастырь и был поставлен архимандритом. Носил он власяницу и тяжёлые вериги.

Перед кончиной преподобный написал братии завещание — короткое и очень человеческое. Он просил хранить между собою духовную любовь, без которой никакая добродетель не полна перед Богом, носить тяготы друг друга, не осуждать один другого ни в храме, ни в келье, молиться со страхом Божиим и ни в коем случае не пропускать церковной службы. Заканчивалось завещание просто: «Прежде отдавайте Божие Богу, а потом выполняйте другие дела».

Отошёл ко Господу преподобный Трифон в глубокой старости, в 1612 году, и погребён в основанной им вятской обители. Память совершается 21 октября. Пишут его по иконописному обычаю в монашеском облачении, со свитком в руке, часто — на фоне монастыря.