Родился святитель Кирилл в знатной христианской семье, где веру держали не напоказ. Светские науки он прошёл, философию тоже, но сильнее всего его тянуло к Священному Писанию и к истинам христианского учения. В юности шесть лет провёл в скиту святого Макария в Нитрийских горах. Патриарх Александрийский Феофил посвятил его в диакона, причислил к клиру и, видя дарования, поручил ему проповедовать.

После кончины Феофила его единодушно избрали на патриарший престол Александрийской Церкви. Первым делом он выступил против ереси Новациана, учившего, что христиане, отпавшие во время гонений, не могут быть снова приняты Церковью.

Куда труднее оказалась борьба с несторианством. Несторий, пресвитер Антиохийской Церкви, в 428 году занял Константинопольскую кафедру и получил возможность широко распространять своё учение. Он называл Матерь Божию не Богородицей, а Христородицей — то есть утверждал, что Она родила человека Христа, а не Бога. Святитель Кирилл не раз писал ему, разъясняя заблуждение, но тот упорствовал. Тогда Кирилл направил послания клиру Константинополя, два трактата императору Феодосию Младшему, письма папе Целестину, другим патриархам и инокам монастырей, предупреждая об опасной ереси.

Дело дошло до Вселенского Собора. Он открылся в 431 году в городе Ефесе; приехало двести епископов от всех христианских Церквей, председательствовал святитель Кирилл. Разобрав учение Нестория, отцы признали его ересью и осудили. Подчиниться Несторий отказался, а приехавший позже епископ Иоанн Антиохийский созвал собственный собор, объявивший Кирилла еретиком. Смута выросла настолько, что по повелению императора Кирилла и Мемнона Ефесского на время заключили под стражу. Вскоре их освободили, заседания продолжились, Несторий был лишён сана и сослан. Определение Собора подписали в итоге и Иоанн Антиохийский, и остальные сирийские епископы.

Александрийской Церковью святитель управлял тридцать два года. К тем, кто заблуждался по простоте и неведению, он подходил мягко и осторожно. Одного подвижника высокой жизни, неверно мыслившего о ветхозаветном Мелхиседеке, он попросил помолиться, чтобы Господь Сам открыл истину, — и через три дня старец пришёл с готовым ответом.

Отдельная история — примирение с памятью святителя Иоанна Златоуста. Дядя Кирилла, патриарх Феофил, был противником Златоуста и председательствовал на осудившем его соборе; молодой Кирилл рос в этом окружении и невольно перенял предубеждение. Преподобный Исидор Пелусиот не раз писал ему, побуждая внести имя великого отца Церкви в диптих святых, но Кирилл не соглашался. Всё переменило видение: он увидел храм, Божию Матерь в окружении Ангелов и святых, а среди них — Иоанна Златоуста, который не подпускал его к Владычице. Богородица просила простить Кирилла, «ибо он много потрудился для Моей чести», и святитель Иоанн простил его. Кирилл раскаялся, созвал египетских епископов и совершил торжественное празднование в честь Златоуста.

Скончался он в 444 году, оставив множество сочинений: толкования на Евангелия от Луки и от Иоанна и на послания апостола Павла, апологию христианства против императора Юлиана Отступника, пять книг против Нестория, труд о Пресвятой Троице под названием «Сокровище». В «Следованной Псалтири» помещено его «Слово об исходе души». Празднование ему установлено вместе со святителем Афанасием Александрийским — в благодарность Церкви за труды по утверждению догматов. Память совершается 31 января и 22 июня.