Сергей Павлович Лебедев был москвич. Он появился на свет 3 июля 1875 года в семье диакона Екатерининского храма на Большой Ордынке. Семья жила в Замоскворечье и была близка с диаконом Феодором Соловьёвым — будущим зосимовским затворником иеросхимонахом Алексием. В 1895 году Сергей окончил Московскую духовную семинарию, преподавал Закон Божий, а в 1898 году был рукоположен во священника к храму Смоленской иконы Божией Матери в Новодевичьем монастыре. Там же он начал учить детей в монастырской школе.

Через три года после рукоположения умерла его жена София, с которой они прожили около четырёх лет; на руках у него остался трёхлетний сын. В дом близ монастыря перебрались две его сестры, а потом и овдовевшая мать, взявшая на себя внука. Растерянный молодой вдовец поехал в Зосимову пустынь к своему духовному отцу — спросить, оставаться ли духовником в женской обители или искать другое место. Ответ был короткий: «Оставайся в монастыре, лучше быть среди голубиц, чем среди волков».

Старец помог ему пережить утрату. Как-то, оказавшись вместе в Троице-Сергиевой лавре, они всю ночь молились в Троицком соборе, а под утро старец приоткрыл раку, чтобы отец Сергий смог приложиться к мощам преподобного. Тот отошёл со слезами и долго стоял молча. На вопрос старца, что он почувствовал, отец Сергий ответил: «Мне показалось, что я опустил лицо в цветущий куст роз... и радость пришла в душу». С этого дня жизнь его стала почти монашеской: богослужение, келейная молитва, чтение отцов, забота о пастве и уроки. Мать просила, пока она жива, не принимать пострига, и он послушался. За глубокое знание устава и благоговейное служение ему поручали наставлять молодых священников, которых присылали в Новодевичий на стажировку.

Проповедовал он много. В его словах постоянно возвращалась одна мысль: жизнь стала разнообразной и быстрой, полной выставок, изобретений и удовольствий, а радости в ней всё меньше — потому что от Бога отвыкли и веры стыдятся. Он говорил, что зло нельзя вылечить одними человеческими средствами, и учил духовных детей хранить веру даже в темнице, среди гонения, голода и холода.

В 1922 году его арестовали по делу о сопротивлении изъятию церковных ценностей и в декабре приговорили к полутора годам; освободили досрочно по амнистии. Новодевичий монастырь закрыли, и отец Сергий стал служить в московской церкви Живоначальной Троицы в Зубове. В 1931 году последовал новый арест: поводом стала его фотография в американской газете, где он был снят благословляющим прихожан. Особое Совещание дало ему три года ссылки в Северный край. Он жил в Великом Устюге, потом в глухих деревнях, вместе с другим ссыльным священником вычитывал дома весь положенный круг служб, а письма родным называл своим рукоделием, спасающим от праздности. Родные ходили хлопотать за него к митрополиту Сергию (Страгородскому), но сам он писал им, что владыке это не по силам и что чтит его за крестный подвиг возглавления Церкви.

В 1934 году срок кончился. Вернувшись, отец Сергий некоторое время был секретарём митрополита Сергия — должность ему дали, чтобы поддержать материально, ведь на нём были мать и две сестры, — а служил в храме Петра и Павла в подмосковной Малаховке. 21 января 1938 года его арестовали. Прощаясь с матерью, он поклонился ей в ноги и сказал, что в этой жизни они больше не встретятся. На допросах и очной ставке он отверг всё, в чём его обвиняли. 15 марта тройка НКВД вынесла приговор четверым священникам сразу, и 22 марта 1938 года их расстреляли на полигоне Бутово, похоронив в общей безымянной могиле.