Будущий епископ, в миру Иван Прохорович Дружинин, родился 20 июня 1863 года в селе Новое Село Бежецкого уезда Тверской губернии, в зажиточной крестьянской семье. Школы он не кончал: грамоте выучился сам, дома. В восемнадцать лет Иван перебрался в Петербург, где его двоюродные сёстры жили монахинями Воскресенского Новодевичьего монастыря, недолго поработал вагоновожатым конки и ушёл послушником на Валаам. Тамошние труды оказались ему не по здоровью, и через шесть лет по совету настоятеля он перешёл в Троице-Сергиеву пустынь под Петербургом. Постриг с именем Сергий он принял в 1894 году, в том же году стал иеродиаконом, а в 1898-м — иеромонахом; тринадцать лет нёс послушание ризничего, отвечая за все монастырские ценности.

Около 1900 года жизнь скромного иеромонаха неожиданно переменилась. Он служил в дворцовых церквах Стрельны и Павловска, где его заметили великие князья Константиновичи, и семья попросила отца Сергия стать её духовником. Он сначала отказался, ссылаясь на нехватку богословской подготовки, но согласился после личных просьб старших членов семьи и оставался их духовным отцом восемнадцать лет. В 1904–1905 годах он расстался с ними только раз — был послан военным священником в действующую армию в Маньчжурию. В 1915 году по ходатайству митрополита Петроградского Владимира его назначили настоятелем Троице-Сергиевой пустыни и возвели в сан архимандрита.

После революции обитель он потерял. Часть Константиновичей уезжала за границу и звала его с собой, но архимандрит отказался, сказав, что хочет остаться с братией и в годину смуты, а не только тогда, когда его возили на великокняжеских автомобилях. Он поселился при приходской церкви преподобномученика Андрея Критского у станции Володарская и стал близким человеком для простых жителей посёлка. Обновленческое управление отец Сергий не признал; в 1922 году, во время изъятия церковных ценностей, он недолго побывал под арестом.

В 1924 году прихожане собрали несколько тысяч подписей, прося о его архиерействе. Епископский совет возражал против хиротонии, а позже ленинградские архиереи вежливо сторонились нового владыки, считая его малообразованным простецом. Но Патриарх Тихон вызвал архимандрита в Москву и 23 ноября сам возглавил его хиротонию во епископа Нарвского. Кафедры владыка так и не получил — Нарва уже отошла Эстонии — и продолжал служить в прежнем храме. В 1927 году его уволили на покой, а после Декларации митрополита Сергия (Страгородского) он вместе с епископом Димитрием (Любимовым) подписал акт отделения и стал одним из руководителей иосифлянского движения. За это последовало запрещение в служении, которому он не подчинился.

В октябре 1931 года Коллегия ОГПУ дала владыке пять лет заключения. Освободившись в 1935 году, он был отправлен в ссылку в Йошкар-Олу. Там 7 сентября 1937 года его арестовали по делу о подпольной группе церковников. Допрашивали всего один раз: на трижды повторённый вопрос о вине епископ трижды ответил отказом, не назвал ни одного имени и не дал следствию ни единого факта; больше его не вызывали. 11 сентября тройка вынесла приговор, и 17 сентября 1937 года владыку расстреляли в подвале йошкар-олинской тюрьмы. Где он похоронен, неизвестно. Реабилитировали епископа в 1989 году, а в 2020-м Священный Синод включил его имя в Собор новомучеников и исповедников Церкви Русской.