Будущий преподобномученик появился на свет в 1877 году в городе Бузулуке Самарской губернии. Отец его, Прокопий Щелоков, был мастеровым. Окончив городскую школу, он поступил в Спасо-Елиазаров монастырь Псковской губернии, где тогда подвизался преподобный Гавриил (Зырянов). Там его постригли с именем Серафим, а в 1909 году рукоположили во иеромонаха.

В 1917 году он перешёл в Седмиозерную пустынь Казанской губернии — туда, где провёл последние годы и был погребён преподобный Гавриил и где оставалось много его духовных детей. Отец Серафим прослужил в пустыни до её закрытия в 1928 году, а потом духовные чада старца Гавриила позвали его в Москву, в Свято-Данилов монастырь. В 1930 году он стал исполняющим обязанности наместника, но в том же году монастырь закрыли, и он стал служить в храме Воскресения Словущего в Даниловской слободе.

В 1931 году ОГПУ провело большую операцию против духовенства и монашествующих. В ночь на 15 апреля отца Серафима арестовали и в тот же день допросили. Следователь расспрашивал о знакомых; священник отвечал коротко и по существу. Тогда же ему предложили стать секретным осведомителем — он отказался. Через десять дней следствие, по которому проходило около пятидесяти человек, завершилось: всем предъявили обвинение в антисоветской деятельности. Особое Совещание назначило ему три года ссылки в Северный край; отбывать её отправили в Усть-Кулом.

Вернувшись из ссылки, он поселился в Кашире, стал служить в городском соборе и вскоре был возведён в сан архимандрита. За ним следили: осведомитель донёс о молитвенном вечере, который архимандрит устроил у одного из прихожан, и передал его слова о том, что времена настали лютые, а верующим нужно молиться и всё терпеть.

25 сентября 1937 года его арестовали и заключили в каширскую тюрьму. Следователя интересовали его связи с ранее арестованным архиепископом Феодором (Поздеевским) и с монахинями, певшими в церковном хоре; отец Серафим отвечал, что связи с владыкой не имеет, а о какой-либо деятельности монахинь ему ничего не известно, — то есть никого не выдал.

12 октября следствие закончили, 19 октября тройка НКВД вынесла приговор. Расстреляли архимандрита Серафима 21 октября 1937 года. Похоронен он на Бутовском полигоне, в общей могиле, место которой осталось неизвестным. В этот день и совершается его память.