Будущая преподобномученица родилась в 1887 году в крестьянской семье Архипа Вишнякова — в деревне Вилятово Новогрудского уезда Минской губернии. В крещении её назвали Мариной. Девятнадцати лет она поступила в женский монастырь в Гродненской губернии.

Первая мировая война перевернула её жизнь: монастырь эвакуировали в глубь России, и Марина поселилась в Спасо-Влахернской обители Московской губернии. Когда именно она приняла монашеский постриг, неизвестно; в схиму с именем Рафаила её постригли уже во времена гонений. Своего дома у неё не было — она подолгу жила то у верующих, то у монахинь и существовала на пожертвования.

21 января 1938 года схимонахиню арестовали вместе с большой группой монахов Троице-Сергиевой лавры и мирян и заключили в московскую Бутырскую тюрьму. В тот же день её допросили. Следователя интересовало прежде всего, где и на какие средства она живёт; когда он потребовал назвать людей, у которых она останавливалась в Москве, схимонахиня отвечать отказалась. При аресте её сфотографировали в схимническом облачении — сотрудники НКВД сочли его достаточной уликой, и признания вины у неё даже не добивались.

14 февраля 1938 года тройка НКВД приговорила схимонахиню Рафаилу к расстрелу. Приговор привели в исполнение 17 февраля; погребена она в общей безвестной могиле на полигоне Бутово под Москвой.

Житие её составил игумен Дамаскин (Орловский) по материалам следственного дела — из них и известны те немногие подробности, что дошли до нас: возраст, деревня, отказ назвать имена и монашеское облачение, в котором её сфотографировали.