Родился он в 1897 году в Уфимской губернии, в селе Дияшево Белебеевского уезда. Семья Иакова и Елены Варламовых жила бедно, крестьянским трудом. Отца он потерял в девять лет, и мать поднимала четверых детей одна, так что нужду он узнал рано. Пётр окончил сельскую школу, а в 1915 году — курсы для подготовки псаломщиков и диаконов и был назначен псаломщиком к храму Казанской иконы Божией Матери в село Преображеновка. В том же году он обвенчался с Анной Ивановной Портновой, дочерью кузнеца, учительницей сельской школы.

В 1918 году по губернии прокатилась гражданская война. Сёла переходили из рук в руки, и победившая сторона всякий раз искала тех, кто помогал другой; расправы были скорыми и почти бессудными. Пётр Яковлевич многих тогда укрыл и спас.

Когда прежний священник ушёл с отступающими и служба в храме прекратилась, прихожане стали просить о рукоположении самого Петра. Ему было двадцать два года, он ссылался на молодость и неопытность, жена была решительно против — время для священства было опасным. И всё-таки в 1919 году он принял сан.

Дальше пошли годы тихой войны с властью. Активисты подожгли дом священника, и семья осталась без крова; выделенный сельским обществом дом у них отняли под красный уголок; землю, которую крестьяне присудили ему на сходе, забрали под огород. Налоги росли — сперва четыреста семьдесят рублей, потом тысяча; денег не было, и за недоимку со двора увели корову. Отец Пётр не сопротивлялся: сказал «берите» и ушёл, чтобы не видеть, как уводят кормилицу семьи. Прихожане собирали для него, сколько могли.

В 1929 году село постановило закрыть храм. Священник призвал верующих не отдавать церковь, и первого мая около двухсот человек простояли перед храмом до полудня. Близкие советовали ему уехать, но он отвечал, что не виноват ни в чём и служения своего не бросит.

Его арестовали. Следствие назвало его руководителем кулацкой группировки, срывавшей мероприятия власти в деревне; священник обвинения категорически отверг, объяснив, что построены они на ложных доносах из вражды и личных счётов. 9 марта 1930 года тройка ОГПУ вынесла смертный приговор, и 11 марта отец Пётр был расстрелян в Уфе и погребён в безвестной могиле.

После смерти Анны Ивановны в её бумагах нашли молитву, написанную её рукой после ареста мужа: она благодарила Бога за всё — за жизнь, за пережитые невзгоды, за разлуку, за муки и за радость.