Будущий священномученик родился 8 декабря 1879 года в Сайгушах Ардатовского уезда Симбирской губернии — ныне это Чамзинский район Мордовии — в семье псаломщика местной церкви. Он окончил духовную семинарию, в 1900 году женился, был определён псаломщиком, затем диаконом, а через несколько лет рукоположен во иерея к храму села Шугурово.

Прихожане запомнили его человеком трудолюбивым, добрым и предельно честным. Мыслей своих о происходящем в стране он не скрывал и говорил о том, что его тревожило, — из-за этого его имя попало в списки участников крестьянского восстания, вспыхнувшего в уезде в 1919 году.

В двадцатые годы хозяйство духовенства облагали очень высоким налогом, платить который становилось всё труднее. В 1929 году отца Павла осудили как неплательщика государственных налогов и дали восемь месяцев принудительных работ. Отбыв срок, он вернулся к служению: крестил новорождённых, венчал, отпевал, поддерживал слабых и заступался за обиженных.

В 1930 году решением райисполкома храм в Шугурове закрыли, а священника арестовали. После освобождения в 1933 году он перебрался в село Бузаево. К тому времени он овдовел и жил по очереди у сыновей: один стал военным врачом, двое работали в колхозе, ещё двое служили в армии.

Однажды председатель сельсовета посоветовал ему бросить «ремесло», отказаться от сана и устроиться на обычную работу. Ответ священника сохранился почти дословно: он не отказывался и не думал отказываться от сана, религиозные убеждения ему этого не позволяют, и умрёт он в сане священника.

5 августа 1937 года у него дома провели обыск. Ничего противозаконного не нашли, но в тот же день его арестовали и отправили сначала в районную камеру предварительного заключения, а затем в саранскую тюрьму. На допросе он повторил, что сана не снимет, и добавил: он убеждённый верующий, но антисоветской агитации нигде не вёл. В обвинительном заключении так и записано — виновным себя не признал.

Тройка при НКВД Мордовской АССР приговорила его к высшей мере наказания. Приговор был приведён в исполнение поздним вечером 3 сентября 1937 года. Архиерейский Собор Русской Православной Церкви в августе 2000 года прославил священника Павла Ягодинского в лике новомучеников и исповедников Российских.

Память его совершается 7 февраля и 3 сентября.