В миру преподобного Никодима звали Никитой. Он родился в крестьянской семье в селе близ Ростова, и житие сохранило странный случай его юности: работая с отцом в поле, он услышал, как его дважды окликнули именем «Никодим» — тем самым, которое он получит много лет спустя при постриге.

После смерти родителей Никита выучился в Ярославле кузнечному делу и перебрался в Москву. Жил скромно, довольствовался малым, а что оставалось от заработка — раздавал нищим; в свободное время ходил по храмам и обителям. Был в его московской жизни и тяжёлый эпизод: товарищ, с которым он работал, был отравлен собственной женой, а Никита, обедавший вместе с ним, надолго слёг с болезнью желудка; выздоровел он после того, как ему явился блаженный Василий и дал испить из сосуда.

Однажды, проходя по Кулишкам, Никита остановился у хижины юродивого Илии, и тот при виде его закричал, что пришёл хозьюгский пустынник. Слова эти поразили Никиту: он принял их как призвание. Продав имущество, он пришёл к архимандриту Чудова монастыря Пафнутию, был принят в братию и пострижен с именем Никодим. Одиннадцать лет он был для монастыря примером смирения и нестяжания. В 1602 году Пафнутия поставили митрополитом Сарским, и он взял Никодима с собой, но год спустя отпустил его на север.

Полтора года преподобный прожил в общежительной Кожеезерской обители, а потом ушёл на речку Хозьюгу, в пяти верстах от монастыря, поставил в лесной чаще келью — и прожил в ней тридцать пять лет, подражая преподобному Павлу Фивейскому. Он делился с братией тем, что вырастил, и рыбой, которую любил ловить на удочку; дикие олени спокойно паслись возле его жилья; ночи он проводил в молитве, изредка позволяя себе задремать сидя. Господь дал ему дар слёз и непрестанной молитвы, прозорливость и силу исцелять болезни. За сорок дней до кончины преподобному явились святитель Алексий, митрополит Московский, и преподобный Дионисий, архимандрит Троице-Сергиевой обители, и возвестили о времени его отшествия. Скончался святой 3 июля 1640 года. Мощи его почивали под спудом в Богоявленской церкви Кожеезерского монастыря, а житие написал его ученик, иеромонах Иаков.

На иконах преподобных пишут в монашеском одеянии, часто со свитком; отшельников — на фоне леса и келлии. Память преподобного Никодима совершается 11 и 16 июля и 1 ноября. К нему обращаются носящие имя Никодим, а также с молитвой о здоровье: дар исцелений назван в самом житии.