Будущий священномученик Никодим носил в миру имя Александра Михайловича Кононова. Он появился на свет в 1871 году в семье священника из Архангельской губернии. Род Кононовых прослеживается с XVII века, и в нём было много северных священников-миссионеров.

Учился он сначала в Архангельской духовной семинарии, потом в столичной духовной академии. Монашеский постриг с именем Никодим принял в 1896 году, тогда же был рукоположен в иеромонаха. Тогда же его назначили смотрителем Александро-Невского духовного училища в столице и Петербургских педагогических курсов. Наград у него было немало; одна из них говорит о нём больше прочих — в 1901 году Синод пожаловал ему Библию «в поощрение любви его к детям». В том же году он стал архимандритом.

Через три года его направили ректором Калужской духовной семинарии, а в 1909 году — ректором Олонецкой. В Калуге архиерей объявил ему благодарность за то, что он сумел успокоить взволнованных воспитанников.

Отдельная часть его жизни — книги. Ещё студентом академии он написал акафист святителю Иоанну Златоусту; тогда цензор его отклонил, зато позже Синод поблагодарил автора и напечатал акафист для церковного употребления. Он составил акафисты преподобным Никодиму Кожеезерскому, Трифону Печенгскому и Иову Ущельскому, писал о подвижниках Архангельской и Олонецкой земли, был одним из главных составителей многотомных «Жизнеописаний отечественных подвижников благочестия XVIII–XIX столетий», занимался историей старчества.

В 1911 году в Петербурге его рукоположили во епископа, а в 1913 году он стал епископом Белгородским, викарием Курской епархии. Здесь он много потрудился при открытии мощей святителя Иоасафа Белгородского: составил две молитвы святителю и большой труд о его житии и чудесах, издал три тома документов, связанных с его деятельностью, восстановил его покои в Свято-Троицком монастыре и создал музей.

В 1919 году, во второй день Рождества Христова, владыку арестовали прямо в алтаре Троицкого собора — за проповеди против грабежей и насилия. По требованию верующих его отпустили на один день, а просивших за него задержали; на следующие сутки епископа арестовали снова. Через два дня после ареста он был тайно расстрелян и погребён в общей могиле за городом. Полгода спустя могилу вскрыли, и останкам владыки воздали должные почести: их погребли в Свято-Троицком монастыре, близ раки святителя Иоасафа.

Память священномученика Никодима совершается 10 января. Архиереев на иконах принято писать в облачении, с Евангелием и благословляющей рукой.