Родился будущий священномученик 7 ноября 1894 года в семье сапожника Фомы Дейнеки, в городе Борзна Черниговской губернии. После церковноприходской школы он окончил курсы псаломщиков при монастыре.

С 1917 по 1921 год Михаил был псаломщиком в храмах Харьковской губернии. Диаконом он стал в 1921 году, священником — в 1924-м. Служил сначала в Харьковской епархии, а потом, по рекомендации архиепископа Курского Онуфрия, епископ Антоний принял его в Белгородскую епархию.

22 февраля 1935 года отца Михаила арестовали — вместе с епископом Антонием, благочинным Митрофаном Вильгельмским, священником Александром Ерошовым и псаломщиком Михаилом Вознесенским. Следователь спрашивал его о сборе денег в храме; священник спокойно объяснил, что пожертвования собирались обычной тарелкой во время службы.

11 сентября 1935 года подсудимым огласили приговор. Епископ Антоний и благочинный Митрофан получили по десять лет, священник Александр Ерошов и псаломщик Михаил Вознесенский — по пять, отец Михаил Дейнека — три года лишения свободы. Всех их отправили на Дальний Восток, в тот же лагерь, где уже находился архиепископ Курский Онуфрий с осуждёнными вместе с ним священниками.

В феврале 1938 года против находившихся в лагере архиереев и духовенства завели новое дело. Показания для него собирали у заключённых, готовых подписать что угодно. В марте арестованных перевезли из лагеря в благовещенскую тюрьму. Смертный приговор тройка НКВД вынесла им 17 марта 1938 года.

1 июня 1938 года архиепископ Онуфрий, епископ Антоний и осуждённые вместе с ними священники, среди которых был и отец Михаил Дейнека, были расстреляны и погребены в безвестной общей могиле.

Его память совершается вместе с памятью пострадавших с ним белгородских и курских новомучеников.