Будущий владыка родился 30 июля 1868 года в семье псаломщика Платона Красноперова — в селе Вятском, что в Сарапульском уезде Вятской губернии; при крещении его назвали Михаилом. Жили бедно. Первым наставником в вере стал для него отец: он приучал сына во всём доверять воле Божией.

Михаил окончил Сарапульское духовное училище и Вятскую семинарию, был надзирателем в училище, а в октябре 1891 года его рукоположили во священника к храму в селе Паздеры. Позже он служил в Вознесенском соборе Сарапула и заведовал церковноприходской школой. Овдовев, отец Михаил решил целиком отдать себя служению Церкви и в 1898 году поступил в Казанскую духовную академию. Её ректором был епископ Антоний (Храповицкий), беседы с которым склонили его к монашеству: в феврале 1900 года он принял постриг с именем Мефодий.

Окончив академию кандидатом богословия, он был помощником смотрителя Уфимского духовного училища, инспектором миссионерской семинарии в осетинском Ардоне, а с ноября 1906 года — ректором Уфимской духовной семинарии в сане архимандрита. Его знали как одного из лучших проповедников епархии.

В феврале 1913 года в Александро-Невской лавре состоялась его хиротония во епископа Акмолинского, второго викария Омской епархии. Осенью 1914 года вышел указ о переименовании второго викария Омской епархии во епископа Петропавловского: местом пребывания владыки стал Петропавловск. Он много ездил по огромной епархии, вёл беседы с сектантами, открыл в Омске курсы для псаломщиков, поддерживал общества трезвости. Летом 1915 года он возглавил крестный ход с иконой святителя Николая: от Петропавловска до Акмолинска, больше пятисот вёрст пути.

После революции у него начались столкновения с новой властью: местный Совет требовал удалить епископа из города за «реакционную деятельность», но Синод оставил это без внимания. В 1921 году по Западной Сибири прокатились крестьянские восстания; повстанцы занимали Петропавловск, Ишим, Тобольск. Когда в город вошли красные, они убили епископа. 17 февраля 1921 года он отслужил литургию в Никольской церкви Петропавловска и вышел на площадь к народу со словом примирения — здесь, перед храмом, его и убили.

Задолго до гибели, ещё архимандритом, он говорил в проповеди, что путь за Христом всегда будет путём борьбы и скорбей, но именно этот путь ведёт к победе и нетлению.