В миру преподобномученика Мефодия звали Николаем Михайловичем Ивановым. Он родился в 1899 году в Симбирске, в семье священника. Окончил церковноприходскую школу и духовное училище в Алатыре, поступил в Симбирскую духовную семинарию, но окончить её не успел: помешал переворот в России, и доучиваться пришлось уже в советской школе.

С 1920 года он преподавал в Саранске, потом в Пензе, в художественно-техническом училище, а затем переехал в Москву и стал преподавать в одной из высших школ. Долго это продолжаться не могло: программа была построена на безбожной идеологии, и для верующего человека такая работа оказалась невозможной. В 1923 году он ушёл из школы и стал послушником московского Покровского монастыря. В том же году его постригли в мантию с именем Мефодий и рукоположили в иеродиакона, а в 1925 году — в иеромонаха. В монастыре он познакомился с епископом Гурием (Степановым), которому был запрещён выезд из Москвы; их близкие отношения сохранились на всю жизнь.

В 1929 году монастырь закрыли. Отца Мефодия перевели за Покровскую заставу — в храм, освящённый в честь Иерусалимской иконы Божией Матери. В том же году его арестовали. На вопрос следователя об отношении к советской власти он ответил открыто: недоволен, потому что она закрывает духовные школы и храмы, запрещает духовную литературу и сурово обходится с верующими и духовенством. Ему дали три года ссылки в Пинежский район Архангельской области.

Вернувшись в 1933 году, он поселился в Кашире — в Москве жить запретили, — а затем переехал в село Суково, где стал служить в храме. Вокруг него сложилась небольшая монашеская община. Сан игумена он получил в 1936 году.

Летом 1937 года началась новая волна арестов духовенства. Отца Мефодия арестовали 28 июля; допросы шли месяц. Виновным он себя не признал. 8 сентября тройка НКВД приговорила его к расстрелу, и 9 сентября 1937 года игумен Мефодий был расстрелян и погребён в общей безвестной могиле на полигоне Бутово под Москвой.