Место, где открылись псковские пещеры, издавна считали особенным. Охотники-изборяне, промышлявшие в печерских лесах, рассказывали, что не раз слышали из горы стройное церковное пение, а поющих не видели, и воздух вокруг был словно наполнен благоуханием ладана. Не понимая причины, они принимали это за действие благодати Божией.

Землю потом купили у псковитян, и участок нынешнего монастыря достался земцу Ивану Дементьеву. Он и открыл пещеру: рубил лес на Святой горе, дерево на крутом обрыве упало и увлекло за собой другие, земля осыпалась, и показалось устье с надписью «Богом зданная пещера». Открытие это относят к 1392 году. Сколько времени до того подвизались в пещере ушедшие от мира люди, никто не знает; предание сохранило имя только одного из них — преподобного Марка.

Подробных сведений о его жизни нет, и летописец прямо признаётся, что не сумел выяснить ни рода его, ни того, как он пришёл в это место и как окончил дни. Мог он быть местным жителем, знавшим тайну пещеры, а мог прийти издалека. Известно, что первые псковские монастыри жестоко разорялись, иноков убивали и уводили в плен, и уцелевшие скрывались в каменецких пещерах — так вокруг преподобного Марка и стала складываться будущая обитель. Предание добавляет, что охотники иногда видели его молящимся на склоне холма у трёх камней; два из них и сегодня лежат под старыми дубами в верхнем монастырском саду.

Погребли его в дубовой колоде наподобие лодки, которую, по преданию, он выдолбил себе сам: она служила ему и постелью, и гробом. Первый устроитель монастыря преподобный Иона знал, где покоятся эти мощи, а позже кто-то из настоятелей внёс имя в Синодик как «первый Печерский инок Марк». В 1523 году игумен Дорофей, задумав устроить большую гробницу, обнаружил, что гроб истлел, а кости с облачением и куколем сохранились. Преподобномученик Корнилий, не найдя письменных свидетельств, усомнился в правильности записи и велел вычеркнуть имя из Синодика — и тут же был поражён слепотой, у него отнялись руки и ноги. Поняв причину, он попросил отнести себя ко гробу старца, испросил прощения и вышел из храма здоровым, никем не поддерживаемый, после чего вернул имя Марка в Синодик.

В 1642 году по грамоте псковского епископа Геннадия устроили новые гробницы, и мощи первых печерских подвижников — преподобного Марка, преподобного Ионы и преподобной Вассы — с пением псалмов положили при входе в пещеру. Позже, в 1773 году, мощи святого переоблачили вторично; сейчас они находятся в гробе-футляре во втором отделении усыпальницы, слева от входа. Память его прежде совершалась только 11 апреля, с 1987 года — ещё и в день Собора Псковских святых, а в последнее время и в день Собора Псково-Печерских святых.