В миру преподобномученицу звали Марией Михайловной Гунаропуло; она была гречанкой по происхождению и родилась около 1865 года. До монашества жила в Киеве, духовником её был протоиерей Александр Корсаковский. Знавший её тогда князь Николай Жевахов вспоминал маленькую, тщедушную, почти старушку, которая горела перед Богом как свеча и жила тем, что согревала других; никакой половинчатости и сделок с совестью в ней не было.

После пострига монахиня Маргарита стала насельницей женской общины «Отрада и Утешение» под Серпуховом — этот период жития называет тяжёлым испытанием, потребовавшим мужества и смирения. В январе 1917 года указом Святейшего Синода её назначили настоятельницей Мензелинского Пророко-Ильинского монастыря Уфимской губернии с возведением в сан игумении. Возведение происходило в Москве, в присутствии великой княгини Елизаветы Феодоровны, которая, по воспоминаниям, чрезвычайно полюбила матушку.

Обитель была одной из крупнейших в епархии: три храма, церковно-приходская школа, сады, огороды и пасеки, мастерские — иконописная, золотошвейная, столярная, переплётная и другие, своя гостиница для паломников и даже фотография. К 1917 году в монастыре жили пятьдесят монахинь и почти двести пятьдесят послушниц. Игумению знали как женщину умную и образованную, строгую к себе и заботившуюся и о хозяйстве, и о внутренней жизни сестёр. Когда по решению Временного правительства церковные школы предстояло передать в ведение министерства просвещения, она письменно отказалась отдавать монастырскую школу — и город в итоге оставил школу за обителью, да ещё и согласился платить учительницам.

Служение её пришлось на смуту: губерния переходила из рук в руки, Мензелинск не раз менял власть. Рассказывали, что игумения решилась было уйти вместе с отступавшими и уже стояла на пристани, когда ей явился образ святителя Николая со словами: зачем ты бежишь от своего венца? Потрясённая, она вернулась в монастырь, рассказала обо всём монастырскому священнику и попросила заранее приготовить для неё гроб.

21 августа 1918 года в город ворвались вооружённые люди. По дошедшему до князя Жевахова рассказу, они хотели войти в храм, но игумения не пустила их и без страха вышла к толпе, сказав, что смерти не боится и они лишь ускорят её встречу с Господом, а вот свои души губят. В ответ ей пообещали расправу наутро. Заперев ворота ограды, матушка с сёстрами провела ночь в храме в молитве и причастилась за ранней обедней. По свидетельству насельницы монахини Алевтины, игумению взяли под арест прямо на службе, вывели из храма на паперть и, несмотря на просьбы, не дали ей причаститься перед смертью. Это произошло 22 августа 1918 года. Сёстры отпели её и похоронили у алтаря соборного храма.

В 1999 году игумения Маргарита была канонизирована как местночтимая святая Уфимской епархии, а в 2000 году Архиерейский Собор причислил её к Собору новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания. На иконах преподобномучениц пишут в монашеском облачении с крестом в руке; игумений — с настоятельским посохом.