До избрания на кафедру священномученик Макарий был архимандритом Виленского Свято-Троицкого монастыря. В 1495 году, после смерти митрополита Ионы Глезны, его избрал и рукоположил собор святителей: Вассиан Владимирский, Лука Полоцкий, Вассиан Туровский и Иона Луцкий. Из Константинополя от патриарха Нифонта пришли грамоты, подтвердившие избрание.

Митрополит много сил положил на то, чтобы утихли распри среди духовенства и мирян, заботился о Киевской митрополии, на собственные средства приводил в порядок и украшал храмы и монастыри. Он отстаивал права православной паствы и старался расположить к ней литовского великого князя Александра Ягеллончика. Жить приходилось в столице Литвы: Киев постоянно разоряли набеги.

В 1497 году, зная об опасности, святитель всё же поехал в Киев — кафедра особенно пострадала от разорения. По дороге, в селе Скрыгалове, он совершал богослужение на берегу реки, и в это время на молящихся напали. Митрополит велел молящимся спасаться, а сам остался у алтаря и принял смерть: его зарубили, отсекли ступню и голову. Вместе с ним погибли и были уведены в плен многие из его паствы.

Тело святителя привезли в Киев и положили в соборном храме Святой Софии. В 1625 и 1634 годах там совершались чудеса: сами собой возгорались свечи перед иконостасом, от гробницы исходили свет и огонь. Мощи священномученика почивают в Киеве, во Владимирском кафедральном соборе. В 1897 году на берегу Припяти, на месте гибели святителя, поставили памятную стелу, а в Скрыгалове действует храм в его честь.

Святителей принято писать в архиерейском облачении, с Евангелием в руках и благословляющим жестом; священномученика при этом нередко изображают с крестом. Память митрополита Макария Киевского совершается 14 мая.