В крещении её звали Марией. Родилась она в 1863 году в Орле, в семье рабочего Сергея Забелина. В тринадцать лет девочка поселилась в селе Посошки Кромского уезда Орловской губернии — там купец Торопов как раз устроил богадельню, которую позже преобразовали в Иоанно-Предтеченскую общину во главе с настоятельницей. Мария окончила при общине школу и осталась послушницей, а приняв иночество, получила имя Магдалины.

Когда начались гонения, инокиня перебралась в Троице-Одигитриевскую Зосимову пустынь в Московской губернии. Обитель в 1920 году превратили в сельскохозяйственную артель, но монастырский устав там сохранялся. В 1929 году пустынь закрыли окончательно, и насельницы разошлись по окрестным сёлам. Магдалина с несколькими послушницами поселилась в деревне Новинской Наро-Фоминского района: жили рукоделием, читали по покойникам Псалтирь, помогали священнику служить молебны и панихиды.

В 1931 году власти решили арестовать всех изгнанных из обителей монашествующих. 22 мая инокиню Магдалину взяли и посадили в тюрьму при Наро-Фоминском райисполкоме. Через день был допрос. На вопрос о политических и партийных убеждениях она ответила, что к ним безразлична, хотя они и мешают в жизни. О себе сказала просто: питалась своим трудом, занималась рукоделием, помогала крестьянам, никуда не ходила и агитации против колхоза не вела.

Обвинение всем арестованным насельницам предъявили одно: будто они агитировали против колхозов и будто подговорили крестьянок идти в сельсовет просить вернуть корову местному священнику, у которого её забрали за неуплату налогов.

Расследование заняло неделю. 29 мая 1931 года тройка при ОГПУ Московской области приговорила инокиню Магдалину и других сестёр к пяти годам ссылки в Казахстан, распорядившись отправить их тюремным этапом. Дороги она не вынесла: 8 декабря 1931 года инокиня Магдалина скончалась и была погребена в безвестной могиле.

Монашествующих на иконах принято писать в мантии и апостольнике, с крестом или чётками в руке; узнают образ по надписанию имени. К святой Магдалине обращаются как к заступнице те, кто носит это имя, и те, кому предстоит долгий и тяжёлый путь.