Преподобный Корнилий родился в 1457 году в знатной боярской семье Крюковых. Родич его, дьяк Лукиан, служил при дворе великой княгини Марии, и через него отрока определили ко двору — место по тем временам едва ли не самое строгое в исполнении церковного устава, не хуже иноческой обители. Там он получил лучшее доступное образование и с юности потянулся к жизни созерцательной. Когда престарелый Лукиан оставил службу и постригся в Кирилло-Белозерском монастыре, двадцатилетний Корнилий ушёл вслед за ним, отказавшись от придворной карьеры.

Иночество своё он начал с самого тяжёлого послушания — в хлебне, носил вериги, а в редкие свободные часы переписывал богослужебные книги. Пройдя все трудные послушания, он с благословения наставника отправился по обителям: побывал в окрестностях Кириллова, дошёл до Ростова и Новгорода. Архиепископ Новгородский Геннадий, увидев редкую по тому времени учёность и духовный опыт, хотел рукоположить его во священника, но Корнилий уклонился от чести и поселился в пустынном месте под городом. Когда и туда начали приходить люди, он перешёл в Тверскую Савватиеву пустынь, а потом ушёл и оттуда.

В 1497 году, сорока лет от роду, он нашёл в комельских лесах под Вологдой брошенную разбойниками хижину и сделал из неё келью. Однажды на него напали, но взять было нечего — кроме книг. Житие говорит, что молитвой ему удалось умирить разбойный люд здешних лесов и даже привести кого-то к покаянию.

Через несколько лет к нему собрались другие отшельники, и в 1501 году поставили деревянный храм Введения во храм Пресвятой Богородицы; тогда же митрополит Симон посвятил Корнилия в иеромонахи. В 1512 году, когда братии стало много, он построил каменную церковь и написал устав, соединив правила преподобных Иосифа Волоцкого и Нила Сорского. Это был третий монашеский устав, составленный русским святым.

Устав его строг и предельно конкретен: пятнадцать глав о церковном благочинии, о трапезе, о пище и питии; есть и пить только вместе со всеми; иметь всего две одежды, одну ветхую и одну крепкую, потому что остальное — тщеславие и соблазн для братии; не просить подаяния у посторонних; ничего не иметь своего; ничего не брать без благословения настоятеля; работать молча и с молитвой; без крайней нужды не ходить в гости ни к родным, ни к чужим; хмельного в обители не держать. Не все приняли эту строгость, и в монастыре начался ропот.

Милосердие его известно не меньше строгости. Однажды к празднику раздавать было нечего, и на рассвете посланный великого князя привёз богатую милостыню, которой хватило всем. В голодные годы родители оставляли детей у монастырских стен, потому что кормить их было нечем, — преподобный устроил для сирот богадельню на монастырском дворе и содержал их. За любовь к нищим и сиротам ему, по житию, не раз являлся преподобный Антоний Великий, которого он особо чтил и в честь которого построил храм.

Из-за ропота братии Корнилий ушёл на Сурское озеро, вёрст за семьдесят от обители, и, несмотря на возраст, снова рубил лес и ставил келью — на этом месте позже возник монастырь его ученика Геннадия. Вернуть старца просили и иноки, и великий князь; он вернулся лишь через несколько лет, побывав перед этим в затворе в Троице-Сергиевом монастыре, но настоятельство отдал ученику Лаврентию, а сам затворился в келье. Во время татарского набега он увёл братию в Белозерский край; монастырь уцелел — нападавшие, приняв пустую обитель за укреплённую крепость, отступили.

Скончался преподобный 19 мая 1537 года, на восемьдесят втором году жизни, простившись с братией и завещав хранить устав, мир и согласие. Погребли его у Введенского храма. Многие его ученики сами стали основателями монастырей — Кирилл Новоезерский, Геннадий Любимоградский, Иродион Илоезерский, Адриан Пошехонский, Лаврентий и Кассиан Комельские. Общецерковное празднование установлено в 1600 году патриархом Иовом; житие написал ученик Нафанаил, а устав сохранился до наших дней.